Служил помощником командира в 114-м Новоторжском пехотном полку, с которым переброшен в Гельсингфорс. В январе 1918 его демобилизовали как старослужащего (призыва 1902 года) и учителя и отправили в Москву в распоряжение московского уездного воинского начальника. Семену Ивановичу, как военному специалисту, предложили организовать и возглавить фронтовой (оперативный) подотдел Московского областного военного комиссариата (с 28.02.1918), преобразованный в апреле 1918 г. в оперативный отдел (Оперод) штаба Московского военного округа. Приказом народного комиссара по военным делам Оперативный отдел штаба МВО был переподчинен народному комиссариату по военным делам. С.И. Аралов сохранил за собой должность заведующего Оперодом (11.05. – 01.11.1918), который, в том числе должен был организовывать и вести разведку «в оккупированных областях, в Украине, Польше, Курляндии, Лифляндии, Эстляндии, Финляндии и Закавказье», а также вести учет и организовывать разведку «согласно особых указаний Коллегии Народных Комиссаров по военным делам против всех сил, которые в данный момент грозят Российской Республике».
Член Реввоенсовета Республики (08.10. 1918—04.07.1919). Члены РВСР намечались ЦК РКП(б) и утверждались Совнаркомом. Все военные ведомства и учреждения подчинялись Реввоенсовету Республики – высшему коллегиальному органу управления Рабоче-крестьянской Красной армией и Рабоче-крестьянским Красным флотом. Член Бюро Реввоенсовета Республики в составе председателя Л.Д. Троцкого, главкома Вацетиса и военкома Полевого штаба С.И. Аралова (30.11.1918).
Член Военно-революционного трибунала при РВСР (14.10.1918—08.07.1919). 14 октября 1918 г. РВСР издал приказ № 94, п. 11: «Сформировать Военно-Революционный Трибунал при Революционном Военном Совете Республики под председательством т. Данишевского и членов тт. Мехоношина и Аралова».
Комиссар Полевого штаба РВСР (24.10. 1918—15.06.1919). Этот штаб осуществлял руководство боевыми операциями на фронтах; все директивы Главного командования, все доклады в правительство о положении на фронтах Гражданской войны составлялись при его участии, его подписью скреплялись все документы Полевого штаба.
Начальник Регистрационного управления Полевого штаба РВС Республики, первого центрального органа военной агентурной разведки и военной контрразведки (военного контроля) (05.11.1918 —15.06.1919).