В том же году С.И. Богданов снова едва не попал под суд. Он тогда командовал 12-м танковым корпусом, который в составе 3-й танковой армии, принимал участие в контрударе войск Западного фронта против 2-й танковой армии противника в районе южнее Козельска. Однако наступление войск 3-й танковой армии на широком фронте не принесло успеха. Они потеряли 224 танка, в том числе безвозвратно 117 боевых машин. Неудачные действия соединений 3-й танковой армии, в том числе и 12-го танкового корпуса, вероятно, послужили причиной отзыва генерал-майора Богданова с фронта в распоряжение Управления кадров Автобронетанковых войск Красной Армии. Над его головой снова сгустились тучи. На помощь комкору пришел его бригадный комиссар П.С. Жуков, который 28 сентября 1942 г. докладывал комиссару Главного автобронетанкового управления Красной Армии армейскому комиссару 2-го ранга Н.И. Бирюкову:
«Мне стало известно, что бывшему командиру корпуса генерал-майору тов. БОГДАНОВУ предъявлено обвинение в трусости во время боя. Я комиссар корпуса со всей партийной ответственностью заявляю, что со стороны БОГДАНОВА, находясь вместе в боях, я этого абсолютно не замечал, а наоборот, отношу к храбрым командирам, кроме всего мне как комиссару корпуса совершенно неясно до настоящего времени, за что был снят и отстранен от должности генерал-майор тов. БОГДАНОВ, так как корпус хотя и имел крупные недочеты в боях, но они, я считаю, ничуть не больше другого братского танкового корпуса или других соединений 3 ТА. Я этот вопрос поставил не в силу защиты тов. БОГДАНОВА, а хочется быть объективным, что имеет важнейшее значение для воспитания начальствующего состава, штабов и для дальнейших успешных боевых действий корпуса.
Лично я оцениваю генерал-майора тов. БОГДАНОВА, как одного из грамотных генералов танковых войск нашей Красной Армии».
Письмо комиссара корпуса помогло Богданову избежать суда.
Арест и несправедливые обвинения не сломили Богданова. Но ему каждый раз приходилось почти заново начинать карьеру. В марте 1940 г. его назначают на незначительный пост в 29-ю легкотанковую бригаду. В декабре он принял 32-ю легкотанковую бригаду, а в марте 1941 г. – 30-ю танковую дивизию. В начале Великой Отечественной войны части дивизии вели тяжелые бои на Слонимском направлении. 30 июня 1941 г. дивизия была расформирована, а Семен Ильич направлен на академические курсы, затем работал в штабе Московского военного округа, возглавлял Можайский укрепрайон, был заместителем командующего 5-й и 10-й армиями.