Первые из сохранившихся до настоящего времени исторических документов относятся к IX веку. В них повествуется об отшельнической жизни монахов-отшельников, живших на Святой горе в период иконоборчества: Петра Афонского (681–734) и Евфимия Солунского (VIII век).
В последующий период на Афоне произошёл расцвет монашества. Это было обусловлено несколькими факторами: установление периода относительного спокойствия и завоевание арабами Ближнего Востока, из-за чего многие монахи из сирийских, египетских и других малоазийских общин стали искать более безопасные места для проживания.
Афонские монахи сыграли значительную роль в истории Церкви в конце иконоборческого периода: их твёрдая позиция на Вселенском соборе 843 года способствовала официальному восстановлению иконопочитания.
Император Василий Македонец своим указом от 883 года установил запрет «о непроходимости на территорию Афона женщин любого возраста и состояния, а также безбородым, скопцам, малолетним и пастухам со своими стадами». Запрещено также держать на Афоне коз, овец, кур женского полу. С тех пор традиция свято соблюдается, а нарушившие запрет приняли смерть лютую по воле Божией. Впрочем, таковых было немного.
С 885 года, согласно другому указу Василия I, Афон принадлежит исключительно монахам. Пастухам и другим мiрянам, которые раньше находились здесь безпрепятственно, доступ на полуостров был закрыт. В 1046 году Император Константин IX Мономах официально закрепил за полуостровом название «Святая Гора», «ΑΓΙΟN ΟΡΟΣ», как оно звучит и в наши дни наряду с неофициальным: «Сад Пресвятой Девы».
В 972 году было принято самоуправление двадцати православных монастырей в непосредственной церковной юрисдикции Константинопольского Патриархата.
В «столице» Афона Кареасе находится Протат – Афонский парламент, где все решения принимаются коллегиально представителями всех монастырей. С тех пор на афонской земле так и существуют двадцать монастырей: двадцать первый строить запрещено. Кроме них имеются многочисленные скиты, отшельнические кельи и пещеры.
Режим самоуправления исходно базируется на положениях I устава Святой Горы Афон («Трагос»), утверждённым хрисовулом (грамотой) императора Иоанна Цимисхия.
По уставу на Афоне используется исключительно Юлианский календарь, в том числе и в официальных документах. Также на Афоне своё, так называемое Византийское время: в момент захода солнца стрелки часов ставятся на полночь. Летом афонское время отличается от греческого на четыре, зимой – на семь часов.