В большинстве исследований, в том числе в «Очерках истории Вятской епархии» (2007) и десятом томе «Православной энциклопедии» (2010) утверждается, что архиепископ Иона принадлежал к роду Барановых (17, С. 148) – именно такую фамилию носил один из келарей Тихвинского монастыря, где в последствии также подвизался будущий вятский архиерей.
Однако Н. Е. Завойской и А. В. Маркелову удалось уточнить, что тихвинский келарь и владыка Иона – это разные люди (12, С. 77; 14, С. 207). Неслучайно издания XIX в., посвященные истории Вятской епархии, не называют владыку Иону по фамилии. Эта ошибка вкралась позже и ныне исправлена. В изданном в 2015 г. XXV томе «Православной энциклопедии» наиболее вероятной фамилией святителя названа Тугаринов (15, С. 471) – такую фамилию носили его брат Роман и племянники Никита и Вукол, впоследствии служившие в г. Хлынове при вятском Архиерейском доме (14, С. 207, а также РГАДА. Ф. 159. Оп. 3. Д. 1799. Л. 59, 116 и др.; Ф. 237. Оп. 1. Д. 55. Л. 81об.; Ф. 1193. Оп. 1. Д. 3. Л. 524; КОКМ. №3789).
В течение пятнадцати лет, с 1653 по 1668 гг., инок Иона подвизался в Калязинском монастыре. Здесь в 1654 г. ему довелось пережить страшную моровую язву, опустошившую центральные районы России. В тот год, спасаясь от эпидемии чумы, в Калязинский монастырь прибыла семья царя Алексея Михайловича в сопровождении Патриарха Никона. В подготовке обители к прибытию царской семьи принимал участие и монах Иона (14, С. 207). В душе молодого насельника это событие оставило глубокий след. Около 1665 г. он стал келарем: заведовал трапезой, погребами, кладовыми и прочим монастырским хозяйством. В будущем, став архиереем, преосвященный Иона никогда не порывал связи с Калязинским монастырем, посылая в него из г. Хлынова грамоты и щедрые пожертвования и прося творить молитвенную память о своем отце священноиноке Александре и других родственниках (15, С. 472).
В начале 1668 г. Иона, по возведении в сан архимандрита, был назначен настоятелем Тихвинского Успенского монастыря, игравшего важную роль в системе управления Новгородской епархией, что помогло будущему святителю прибрести опыт, впоследствии пригодившийся ему на вятской кафедре (15, С. 472).
В следующем 1669 г., по распоряжению царя Алексея Михайловича, в Тихвинском монастыре было начато большое каменное строительство, предполагавшее возведение новых башен и укреплений. Для чего, по прошению архимандрита Ионы и с дозволения царя, «для покупки железа за свейский рубеж» (18, С. 409) был направлен посадский человек Илья Шпилькин в сопровождении шести монастырских слуг. Работы растянулись на целое десятилетие и закончились только в 1680 г., уже без Ионы, который, будучи архимандритом, принимал в них самое деятельное участие, привлекая известных ему мастеров – тогда же по указу царя в Тихвин из Калязина был затребован каменщик Ларька Барьцин (19, С. 87). Впоследствии этот опыт пригодился в г. Хлынове, где при участии преосвященного Ионы были построены первые каменные храмы. Туда же из Тихвина он привез список с чудотворного образа Божией Матери, по преданию, написанный самим владыкой, привив ее почитание на Вятской земле (14, С. 207; 15, С. 474).