В 1943 году Вавилов получил два статусных повышения – стал лауреатом Сталинской премии и уполномоченным Госкомитета обороны по оптической промышленности. Первое он только отметил в дневнике без комментариев, а по поводу второго был вызван в Москву к Маленкову и записал, что «не сумел отказаться от важных поручений» (20.06.1943). Больше об этой работе он не пишет, что понятно – по условиям того времени она была полностью закрытой. Труднее понять, как такие засекреченные обязанности могли сочетаться с пребыванием в глубокой провинции и постоянными переездами.
Несравненно острее Вавилов пережил смерть брата, о которой семья узнала только спустя полгода, в июле 1943-го, а точную дату и место сыну Н. И. Вавилова Олегу сообщили только в октябре. В записях этих месяцев особенно много пессимизма, мизантропии, нежелания жить, что присутствует в дневниках с 1940 года до самого конца. Можно думать, что Вавилов держался только чувством долга и привязанностью к двум оставшимся близким людям – жене и сыну (этот мотив в дневниках тоже постоянен).
Очень важная запись, подводящая итоги этого отрезка жизни, сделана по случайному поводу (закончилась общая тетрадь, надо заводить другую):
«Кончается книга. На ней остались следы целой эпохи 1935-1944 гг. От Парижа до Царевококшайска…
Замена убегающей памяти. Жалкий призрак надежды поймать уходящее.
Если книжку не сожгут, не выбросят, не изорвут и она дойдет до человека с душой и умом – он, наверное, кое-что из нее поймет относительно трагедии человеческого сознания.
Книга вышла страшная. Книга смертей. Умерли самые близкие: мать, сестра и, наконец, самое страшное – Николай. Застрелился Д. С. Рождественский, умер П. П. Лазарев.
Война. Ленинградский ад.
Внутреннее опустошение. Смертельные холодные просторы. Полное замирание желания жить. Остались только Олюшка да Виктор.
Начинал книгу совсем иначе.
Вышла – траурная книга» (16.11.1943).
В том же 1943 году началась затяжная реэвакуация академических институтов в Москву, и едва ли не главным делом Вавилова на многие месяцы стала борьба за возвращение здания ФИАНа на Миусской площади, занятого каким-то заводом. Теперь он уже подолгу живет в Москве, берет с собой жену, а в мае 1944 года впервые с начала войны приехал в Ленинград. Туда хотел вернуться на постоянное жительство и работать в своем любимом ГОИ, но получилось по-другому: