Все перемешалось в судьбе Нострадамуса: и слава, и бесславие, восторженный прием и гонения. В начале 1560-х гг. во Франции замаячил призрак первой из девяти гражданских Религиозных войн. Нострадамус оказался между двух огней. Католики, к которым пророк причислял себя, видели в выкресте-еврее тайного кальвиниста и подстрекателя, кальвинисты же считали его продажным папистом.
Над жизнью Нострадамуса нависла реальная опасность, но тут на помощь ему пришли могущественные покровители. Прорицателя взяли под свою защиту герцогиня и герцог Савойские. Некоторые биографы утверждают, что причиной для внезапной любви к Нострадамусу со стороны столь высоких особ стало составленное им точное астрологическое предсказание судьбы их новорожденного сына, впоследствии ставшего величайшим правителем Савойи Карлом Эммануилом Великим. В это же время Нострадамус начинает писать центурии 11 и 12, от которых до нас дошли лишь отдельные фрагменты. С 1550 г. и до последнего дня Нострадамус продолжал выпускать пользовавшиеся необычайной популярностью альманахи-ежегодники с многочисленными пророчествами в прозе. Впоследствии же Нострадамус печатал в своих альманахах катрены с предсказаниями на весь год, так называемые «Presages». Время сохранило лишь 141 катрен из входивших в альманахи за 1555–1567 гг.
В 1564 г., во время поездки по Франции, предпринятой Екатериной Медичи с целью «умиротворения страны», королева и ее малолетний сын решили заехать к стареющему Салонскому оракулу. Через некоторое время они удалились, даровав Нострадамусу титул постоянного личного советника и врача со всеми соответствующими почестями и материальными вознаграждениями.
За год и восемь месяцев до своей смерти Нострадамус достиг высшего признания. В 1566 г. его железное здоровье внезапно пошатнулось. С июня, после возвращения из Арля, куда Нострадамус ездил с королевским посольством, его начинают мучить постоянные приступы подагры, вскоре перешедшей в водянку. Незадолго до кончины Нострадамус просит перенести его смертное ложе наверх, в любимый им тайный кабинет, где он в страшных муках ждал свой последний час. Разум его оставался ясен до самого конца. Последнее предсказание Нострадамуса касается его собственной смерти:
По возвращении из посольства он расставит подарки и больше не сделает ничего. Он скоро отойдет ко Господу. Близкие родственники, друзья и братья по крови найдут его лежащим между кроватью и скамейкой.