Продвижение христиан вперед и захват Толедского эмирата королем Кастилии в 1085 году побудили нескольких эмиров обратиться в Северную Африку, чтобы найти там поддержку у альморавидов, племени непримиримых мусульман, только что выбравшему Марракеш своей столицей. В 1086 году альморавиды высадились в Испании, разбили христианскую армию и взяли андалузские эмираты под свою власть.
В течение трех веков истории христиане и мусульмане поделили между собой территорию полуострова на почти равные части. Аль-Андалус испытывал серьезную угрозу христианской экспансии, но при этом оказался в руках суровых воинов, прибывших с севера Африки и принесших с собой строгие религиозные правила. Христианская Испания, со своей стороны, подвергалась активному давлению со стороны папства, которое желало ее возвращения в лоно Римской церкви несмотря на то, что ее просторы привлекли к себе многочисленных жителей других регионов Европы.
Территория, разделенная на несколько частей
В течение четырех столетий, которые традиционно считаются концом Средневековья, наступление христиан на мусульман было не так значительно, как могло ожидаться после успехов, имевших место в XI веке. Альморавиды быстро утратили свою агрессивность и были заменены на юге полуострова другим религиозным братством, пришедшим с севера Африки, Альмохадами, которые обосновались там начиная с 1147 года и повели жесткую политику в отношении христианских королей и принцев.
Во второй половине XIII века король Гранады, последнего бастиона аль-Андалуса, снова обратился за помощью к марокканцам-маринидам и генуэзцам. Гранадское королевство во второй половине XIV века и начале XV века находилось в расцвете, чем воспользовались его короли, чтобы заложить дворец Альгамбра (в переводе с арабского это означает «Красный замок») и окружить себя поэтами, воспевавшими этот «земной рай». Но соперничество между знатными семьями королевства и многочисленными потомками эмиров повлекло за собой ослабление Гранады, которая после долгой осады сдалась Католическим королям 2 января 1492 года.
Но это все будет значительно позже, а пока Кастилия и Леон, объединившиеся в 1037 году, были разъединены в течение почти 70 лет (в период с 1157 по 1230 год) и лишь после этого вновь достигли объединения, которое обеспечило им превосходство над другими королевствами Пиренейского полуострова. После победы при Лас-Навасе-де-Толоса 16 июля 1212 года короли Фердинанд (Фернандо) III и Альфонсо X Кастильский присоединили к их королевству бо́льшую часть Андалусии. В 1369 году смерть короля Педро I Жестокого, сына Альфонсо XI Кастильского и Марии Португальской, от руки своего единокровного брата Энрике (незаконнорожденного сына Альфонсо XI и его любовницы Леонор де Гусман) возвела на Кастильский трон новую династию Трастамара.