С коррупцией папа бороться не стал, понимая, что победить ее не в его власти. Он взял ее под контроль и сам существенно пополнил городскую казну за счет продажи должностей. Изменения коснулись и административной системы, которую полностью реформировали. Папа не желал мириться со средневековыми неудобствами государственного аппарата и создал новый, настолько эффективный, что он до сих пор работает в Ватикане.
В Рим пришли порядок, чистота и спокойствие. Среди прочих забот Сикст V не забыл о восстановлении акведуков и создании новых улиц.
Теперь можно было приступать к Куполу. Папе пришлось столкнуться с неожиданной дилеммой – выбор архитектора. Он уже много лет покровительствовал Доменико Фонтана, который никогда не работал в Соборе. С главным архитектором Собора, Джакомо Делла Порта найти общий язык у папы не получилось. Делла Порта был большим сибаритом, который не мог жить без земных радостей. Аскет и мистик по натуре, Сикст V часто его просто не понимал. Только заменить Делла Порта было не так просто. Архитектор пришел в Собор еще во времена Микеланджело, знал всю работу стройки в мельчайших деталях и, хоть особыми талантами не обладал, смог сделать гораздо больше, чем именитые предшественники.
К тому же возобновление работ с Куполом могло принести много неприятных сюрпризов. В Апостольском Дворце хранилась только четырехметровая модель купола в масштабе 1:15. Больше никаких чертежей и данных. Все нужно было делать заново. К счастью, папа сделал правильный выбор между дружбой и профессионализмом, выбрав последнее.
Именно Джакомо Делла Порта было приказано готовить чертежи для возобновления работ. Главный архитектор прекрасно понимал, что армия сторонников Фонтаны вряд ли позволит ему чувствовать себя спокойно в Ватикане. Поэтому он удалился в стены монастыря Святого Павла под благовидным предлогом необходимости иметь больше пространства. В считанные дни он предоставил Сиксту V новый проект, немного отличавшийся от идей Микеланджело. Купол стал легче и выше. Двойную структуру, предложенную флорентинцем, архитектор сохранил. Внешний купол будет предохранять основной несущий от влаги и жарких лучей солнца, препятствуя возможной деформации.
Летом 1588 года Сикст V рассматривал огромные чертежи, разложенные на полу в Сан Паоло. В таких случаях обычно начинались совещания и советы, архитекторов засыпали вопросами и до окончательного утверждения проходили недели и месяцы. В этот раз папе хватило нескольких минут, чтобы все оценить. Единственный вопрос Сикста V касался сроков работы.