Руководил работами по ликвидации последствий катастроф и стихийных бедствий, погашению межнациональных конфликтов:
– в апреле 1986 года возглавил штаб по ликвидации последствий аварии на Чернобыльской АЭС, несколько раз приезжал в зону Чернобыля и соседствующие с ним области Белоруссии и Украины;
– с декабря 1988 по январь 1991 года руководил спасательно-восстановительными мероприятиями после землетрясения в Армении. За большой личный вклад в организацию этих работ в 1998 году в Спитаке установлен бюст Н.И. Рыжкову, а в 2008 году присвоено высшее звание республики – Национальный Герой Армении с вручением ордена Отечества.
– в мае 1989 года под руководством Н.И. Рыжкова был погашен кровавый межнациональный конфликт в Фергане между коренным населением и турками-месхетинцами, депортированными туда в 1944 году из Грузии;
– в январе 1990 года руководил мероприятиями по урегулированию межэтнического конфликта в Баку.
Также возглавлял работы по погашению конфликтов в Алма-Ате, Тбилиси, Прибалтике.
Важный этап в деятельности Н.И. Рыжкова в этот период – борьба с антиалкогольной кампанией. Благодаря принципиальной позиции Н.И. Рыжкова как главы Правительства трехгодичная антиалкогольная кампания, которая нанесла большой ущерб государству, была прекращена.
Депутат Верховного Совета СССР 9–11 созывов (1974–1989), Верховного Совета РСФСР (1986–1990), народный депутат СССР (1989–1991).
С декабря 1995-го по декабрь 1999 года – депутат Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации II созыва. Руководитель депутатской группы «Народовластие»; член Совета Государственной Думы.
В мае 1999 года Государственная Дума приняла Постановление «О создании Комиссии Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации по изучению и обобщению информации о преступлениях, совершаемых в ходе агрессии Организации Североатлантического договора против Союзной Республики Югославии» (от 12 мая 1999 года) и создала Комиссию, возглавить которую было поручено Н.И. Рыжкову. В целях изучения сложившегося там положения и обсуждения с югославским руководством конкретных мер по прекращению агрессии Н.И. Рыжков как председатель Комиссии неоднократно посещал Белград, а также Сербию, Косово и другие эпицентры боевых действий.
С декабря 1999-го по октябрь 2003 года – депутат Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации III созыва.