Именно в этот период за ним, пожалуй, и закрепилась репутация неподкупного руководителя с железной хваткой.
Когда произошла маленькая революция в футболе начала нового века и появилась премьер-лига, которая фактически отодвинула ПФЛ от элиты российского футбола, Толстых не пропал с горизонта. Ему на откуп оставили неблагодарную работу по проведению чемпионатов первого и второго дивизионов. Другой бы встал в позу, но Толстых остался верен себе, стремясь, насколько это было возможно в российских реалиях, работать профессионально и бескомпромиссно.
Он был едва ли не единственным из высокопоставленных футбольных функционеров, рискнувших открыто заявить о несвоевременности перевода российского чемпионата на систему «осень – весна». По инициативе Толстых клубы ПФЛ обратились с открытым письмом к Владимиру Путину, предупреждая о возможных негативных последствиях этой реформы для команд из глубинки.
Голоса провинциальных клубов услышаны не были, а самому Толстых эта инициатива стоила дорого. Возглавляемый Фурсенко РФС досрочно прекратил договор с ПФЛ, найдя юридические заковыки при регистрации лиги. При этом даже возможности устранить их Толстых не дали. Просто убрали неудобного человека. Убрали грубо и даже не пытаясь облечь это в сколько-нибудь благовидную форму.
Фурсенко сделал то, что не могли позволить себе всесильные когда-то Вячеслав Колосков и Виталий Мутко. И тому и другому Толстых бросал перчатку. Но бросившего вызов и проигравшего им Толстых оба не пинали и не сбрасывали с корабля современности, а обязательно оставляли в обойме. Потому что понимали, что это настоящая находка: профессионал, охотно соглашающийся выполнять черновую, незаметную, а самое главное – очень неблагодарную работу. Ехать в далёкую провинцию и решать проблемы с полем или разбираться с финансовыми проступками коллективов из низших дивизионов куда менее приятно и престижно, чем выбирать нового главного тренера сборной России, определять параметры трансферной политики или давать комментарии о лидерах российского чемпионата.
Впрочем, в наследство Николаю Толстых достаются не только финансовые проблемы, непонятным образом наметившиеся при его предшественнике (гигантский долг банку «Россия», кредит которого выдавался под залог коммерческих прав РФС, чего только стоит). Печальным наследием стал и «малый Соовнарком» – исполком РФС, в который вошли не столько футбольные профессионалы, сколько назначенные по разнарядке и согласованные в высоких кабинетах чиновники и олигархи. Не берусь судить, как это происходит во всём мире, но похоже, что только в России в составе руководящего футбольного органа было так много представителей высших эшелонов власти и бизнеса.