В фокус научных интересов Александра Зиновьева прочно попадает советское общество, которое формировалось на его глазах. Уже в юношеские годы он понял, что реальное советское общество имело мало общего с тем, как его изображали в советской идеологии и официальной науке. Познать, каким оно является в действительности, стало целью его жизни. Зиновьев в полной мере отдавал себе отчет в том, что подлинно научное исследование и правдивое, объективное описание реального социального строя Советского Союза было исключено практически. И потому занимался этими исследованиями «как партизан», нелегально, скрывая их направленность и масштабы даже от близких друзей и сохраняя результаты своих размышлений в памяти. Ему в этом отношении повезло: природа наградила его феноменальной памятью.
Еще студентом Зиновьев создал собственную логическую концепцию, вовлек в свои занятия логикой и методологией способных студентов философского факультета МГУ. Среди них были такие незаурядные личности, выросшие впоследствии в крупных ученых, как Борис Грушин, Мераб Мамардашвили, Георгий Щедровицкий.
Сторонники учения К. Маркса и Ф. Энгельса в России утверждали, что марксизм есть философия. При этом они не могли указать ни одного философского сочинения Маркса, кроме ранних «Философско-экономических рукописей», написанных еще до «Манифеста Коммунистической партии», и трех философских произведений Энгельса: «Людвиг Фейербах и конец классической немецкой философии», «Анти-Дюринг», «Диалектика природы».
Маркс и Энгельс не повинны в том, что их возвели в ранг классиков философии. Это сделал В.И. Ленин, провозгласивший их учение высшей ступенью развития философии. Догматическую форму их воззрения обрели в главе «О диалектическом и историческом материализме» в учебнике «Краткий курс истории ВКП (б)» (написанной самим Сталиным). С тех пор книга В.И. Ленина «Материализм и эмпириокритицизм» была объявлена вершиной мировой философской мысли, а философское сочинение Сталина – победным флагом, водруженным на философской вершине. Социальный престиж философии при Сталине был очень высок, потому что марксистско-ленинская философия была определяющей и необходимой частью сталинской идеологии.
Первые результаты логических исследований Александра Зиновьева составили ядро его кандидатской диссертации «Восхождение от абстрактного к конкретному в “Капитале” К. Маркса». Она оказалась своего рода интеллектуальной «бомбой», которая «рванула» в ходе защиты диссертации, состоявшейся в 1954 г. на философском факультете МГУ. Защита стала событием не только в жизни факультета. Зал ученого совета, где проходила защита, не вмещал всех желающих. Многие приехали из других городов.