Переломным этапом в истории Иудеи в этот период было прибытие в страну из Вавилона около 458 г. до н. э., в правление первосвященника Эльяшива бен Иеѓоякима, внука Иеѓошуа бен Иеѓоцадака, новой группы из нескольких тысяч изгнанников, во главе которой стоял Эзра. Он носил звание писца, то есть был высокопоставленным персидским чиновником и, вероятно, наместником Иудеи. Персидский царь Артаксеркс уполномочил Эзру объявить законы Торы гражданским законодательством Иудеи и облек его правом назначать судей, вершивших правосудие на основании еврейского религиозного Закона.
Прибытие новой группы ободрило жителей Иудеи. Одновременно обострились отношения с самаритянами, жителями бывшего Северного, Израильского царства. В этот критический момент (445 г. до н. э.) в Иерусалим прибыл Нехемия, знатный вельможа еврейского происхождения при персидском дворе. Нехемия добился у Артаксеркса назначения его наместником Иудеи и разрешения реконструировать полуразрушенный Иерусалим.
Первым мероприятием Нехемии было обнесение Иерусалима новой крепостной стеной. Работа осуществлялась на добровольных началах жителями Иерусалима и провинциальных городов. После окончания строительства в праздник Суккот (Кущи), когда жители Иудеи, согласно обычаю, совершали паломничество в Иерусалим, было созвано народное собрание, на котором Эзра читал и объяснял народу законы Торы, после чего, как и во времена иудейского царя Иошияѓу (622/1 г. до н. э.), с народом был заключен договор о строгом соблюдении этих законов. Важным пунктом договора было обязательство не родниться с окружающими народами. Этот пункт в первую очередь, был направлен против иерусалимской знати, роднившейся со знатными самаритянскими родами, и первосвященника Эльяшива бен Иеѓоякима, сын которого женился на дочери Санбалата, правителя Самарии. Помимо этого договор содержал пункты о соблюдении субботы как обязательного дня отдыха и заботе о поддержании Храма и его служителей. Таким образом, Эзре и Нехемии удалось ввести в жизнь Иудеи национально-религиозные нормы, принятые в вавилонской диаспоре, которые, кроме упомянутых выше, включали также вознесение регулярных ежедневных молитв, несмотря на восстановление Храма.
Нехемия занимал пост наместника Иудеи до 432 г. до н. э., когда он был отозван к персидскому двору. Воспользовавшись этим, недовольные деятельностью Нехемии круги во главе с первосвященником Эльяшивом попытались ликвидировать осуществленные Нехемией реформы и нарушить договор 445 г. до н. э. Однако вскоре Нехемия вернулся в Иудею и сумел в борьбе с оппозицией отстоять и упрочить свои реформы.