Еврейское население Эрец Исраэль оставалось под властью глав еврейской общины Египта, носивших титул «нагид», на протяжении всего владычества западноевропейских крестоносцев[25]. Однако на территориях, входивших в состав созданного крестоносцами Иерусалимского королевства, эта власть базировалась почти исключительно на религиозном авторитете мудрецов, проживавших в Египте, управлявшемся мусульманами, в то время как большинство евреев Эрец Исраэль, оставшихся под властью крестоносцев, составляли крестьяне, обращенные завоевателями в крепостное состояние. В этих условиях новая крупная городская еврейская община, возникшая в период правления крестоносцев в Акко и состоявшая главным образом из репатриантов из христианской Европы, могла позволить себе не подчиняться египетским нагидам. Община Акко была в XII–XIII вв. крупнейшим центром еврейской учености в Эрец Исраэль. Ее раввины вели острейшую религиозную полемику с еврейскими мудрецами стран ислама, в частности со знаменитым рабби Моше бен Маймоном (Рамбамом). Однако в 1291 г., Акко, последний оплот крестоносцев в Эрец Исраэль, был захвачен мамлюкским правителем Египта султаном Бейбарсом. Город был разрушен, а большая часть его еврейского населения погибла в учиненной мусульманами резне.
Гибель общины Акко привела к тому, что египетские раввины стали единственным духовным авторитетом для остававшегося в Эрец Исраэль еврейского населения. Власть нагидов, признаваемая мамлюкскими султанами, обрела более осязаемые формы. Нагиды Египта сохранили свою власть над евреями Эрец Исраэль и в начале владычества турок-османов, завоевавших страну в 1517 г.
В XIV–XV вв. происходит масштабная репатриация евреев диаспоры, прежде всего сефардских изгнанников с Пиренейского полуострова, в Эрец Исраэль. Возникают имевшие значение для всего еврейского мира центры еврейской учености, важнейшим из которых стал Цфат. В начале XVI в. по инициативе главного раввина Цфата, репатрианта из Испании рабби Яакова Бейрава, была предпринята попытка возобновить древнюю традицию «смиха» (посвящение мудрецов), имеющую важнейшее значение в вопросах религиозного законодательства и прервавшуюся сотни лет назад. Эта попытка натолкнулась на ожесточенное сопротивление большинства раввинов Эрец Исраэль. Больший успех имели усилия ученика рабби Яакова Бейрава, рабби Йосефа Каро, также репатрианта из Испании, создать сжатый и доступный для повседневного использования свод еврейских законов. С этой целью он написал книгу «Шулхан арух» (буквально – «Накрытый стол»), которая на том или ином уровне была принята всеми еврейскими общинами мира. В XVI в. Цфат становится и основным центром мистического учения «лурианской каббалы», созданного великим каббалистом, уроженцем Иерусалима, рабби Ицхаком Лурией. Это учение получило широкую популярность благодаря деятельности одного из его учеников, уроженца Цфата, рабби Хаима Виталя.