И. Алон предполагал, что арабские территории Западного берега будут рано или поздно Израилем отданы, а потому создавать постоянную администрацию на них не следует (и в этом его подход разительно отличался от подхода М. Даяна, создавшего на территориях разветвленную сеть военных администраций). Однако он считал очень важным создать «защитный пояс поселений», который бы окружал территории, населенные арабами. Особую важность И. Алон, как и Д. Бен-Гурион, придавал городу Хеврону (ввиду его религиозного значения), который должен контролироваться Израилем. И. Алон также выступал за израильскую аннексию района Гуш-Эцион.
Кроме того, И. Алон уделил внимание таким проблемам, как источники пресной воды и религиозные святыни, находящиеся на Западном берегу. Он указал, что в случае возвращения территорий необходимо будет искать альтернативные источники воды, а также позаботиться о сохранности священных мест.
И. Алон высказал четкое мнение и по проблеме Иерусалима. Если он допускал, что рано или поздно большую часть территории Западного берега придется оставить, то какие-либо уступки в Иерусалиме он, как и Д. Бен-Гурион и Л. Эшколь, считал невозможными. И. Алон был убежден, что Иерусалим должен быть объединенной столицей Государства Израиль.
Относительно сектора Газы позиция И. Алона претерпела значительные изменения. Изначально он считал, что палестинские арабы, жившие в лагерях беженцев в Газе, могут и должны быть расселены за пределами Палестины/Эрец-Исраэль. Так, кстати, полагал и Л. Эшколь, о чем он говорил на заседании правительства 19 июня 1967 года, характеризуя как «справедливейшее из возможных» свое предложение о переселении ста тысяч палестинцев из Газы в Ирак: «У них общий язык, они находятся примерно на одном уровне развития, там есть достаточно земель и воды», в конце концов, «мы [Израиль] приняли евреев из Ирака, приняли сто тысяч человек. …Можно считать это обменом населения»[76]. И. Алон, как и, кстати, М. Бегин, поддерживал идеи Ю. Неэмана (хотя не факт, что был знаком с его меморандумом) о расселении палестинских беженцев из Газы в районе Эль-Ариша. И. Алон также предлагал переселить часть жителей Газы на Западный берег Иордана, а также на территорию Иордании. При этом он выступал за присоединение сектора Газы к Израилю.