Степана Федоровича вместе с Бестужевым-Рюминым привлекли к следствию. Часть допросов провел лично глава Тайной канцелярии граф А.И. Шувалов, с которым фельдмаршала связывала близкая дружба, как и с его братом генерал-фельдцейхмейстером П.И. Шуваловым. Этот фактор стал решающим в следствии. Обвинение в государственной измене слабело. Тянувшееся почти год следствие показало, что решение об отступлении Апраксин принял не единолично, а на военном совете с генералитетом. Фермор также свидетельствовал в пользу своего бывшего главнокомандующего, показав, что войска испытывали большой недостаток в людском и конском составе, голодали. Дело, хоть и неспешно, шло к оправданию фельдмаршала, но 6 августа 1758 г. неожиданно, прямо во время допроса сердце не выдержало.
Рассказывали, что сработал иезуитский план давнего недруга Апраксина – князя Никиты Трубецкого. Именно он, как генерал-прокурор, возглавлял следствие. Поскольку свидетели показывали в пользу опального фельдмаршала, Трубецкой получил от Елизаветы предписание: если и сам фельдмаршал сможет отвести предъявленное обвинение, ему следует объявить монаршее прощение. И вот когда допрос Апраксина подходил к концу, и генерал-прокурору не оставалось иного, как объявить волю императрицы, Никита Юрьевич намеренно зловещим тоном вопросил: «Что ж, господа, приступим к последнему?» Бедный узник решил, что его собираются пытать…
Похоронен он был как подследственный, без подобающих его чину почестей. «С ним поступили несправедливо, – считал А.А. Керсновский. – Апраксин сделал все, что мог бы сделать на его месте любой начальник средних дарований и способностей, поставленный действительно в невозможное положение и связанный по рукам и ногам Конференцией»[10].
К слову, второй подследственный, Бестужев-Рюмин, тоже не дождался оправдательного приговора. Будучи осужденным и едва не потеряв – в буквальном смысле – голову, он был лишен всех чинов и сослан в деревню.
Обвинение в тяжком преступлении тяготело над Апраксиным вплоть до начала 90-х годов XIX в., пока его не снял известный военный историк Д.Ф. Масловский. В капитальном исследовании «Русская армия в Семилетнюю войну» ему удалось неопровержимо доказать, что вины за Апраксиным нет и все его действия были вызваны обстановкой на театре военных действий. Вывод ученого в 1891 г. разделило высшее военное руководство: повелением императора Николая II имя генерал-фельдмаршала С.Ф. Апраксина стал носить 63-й пехотный Углицкий полк.