С первых дней Отечественной войны 1812 года Багратион выступал за активные действия против выступившего в Русский поход императора французов. Он настаивал на скорейшем генеральном сражении с наполеоновской Великой армией, постоянно конфликтуя с Барклаем-де-Толли, который был для него, как военный министр, старшим начальником. Однако в той ситуации такая битва не могла дать желаемой победы в войне.
Командующий 2-й Западной армией вошел в военную историю еще и как один из инициаторов и организаторов армейского партизанского движения в тылу французов. Именно оно стало одной из главных причин гибели вражеской армии на российских просторах.
Багратион приветствовал назначение М.И. Голенищева-Кутузова главнокомандующим русской действующей армией и его решение наконец-то дать генеральную баталию Наполеону. В Бородинском сражении 2-я Западная армия составила левое крыло построения кутузовских войск. Именно здесь император Наполеон Бонапарт сосредоточил свои главные силы, чтобы прорвать русские позиции.
Полки Багратиона отразили все атаки французских войск в самом начале битвы, хотя понесли огромные потери. Сперва они героически защищали целый день – 24 августа – Шевардинский редут. Его оборона позволила русским укрепить свои позиции, в том числе Курганную высоту (Батарею Раевского) и Семеновские (Багратионовы) флеши. Французы смогли овладеть Шевардинским редутом, когда с этой высоты ушел последний русский солдат.
Наполеон с раннего утра беспрерывно атаковал Семеновские флеши большими силами, особенно тяжелой кавалерией. Он бросил против защитников этого полевого земляного укрепления корпуса маршалов Даву и Нея, 8-й пехотный корпус и кавалерию маршала Мюрата.
Флеши у села Семеновского несколько раз переходили из рук в руки. Ров перед ним был доверху заполнен убитыми и ранеными. Казалось, что ярость сражавшихся здесь людей не знала предела.
Наполеон был буквально взбешен неудачами атак на Семеновские флеши. Около 12 часов дня он приказал в восьмой раз штурмовать эти уже полуразрушенные укрепления. Примерно 18 тысячам русских солдат при 300 орудиях на фронте всего в полтора километра император французов противопоставил 45 тысяч своих солдат и 400 орудий. Русские вновь встретили атакующего врага картечными залпами в упор и ударами в штыки.