Из Восточной Пруссии полк совершил переход на берега Дуная. Там шла уже не первая кампания Русско-турецкой войны 1806–1812 годов. На Балканах донцы-атаманцы особенно отличились при разбитии турецких корпусов в сражении под Рассеватом и Силистрийской крепостью. В том же 1809 году полк по высочайшему повелению возвратился на Дон. В январе 1810 года его командир получает чин полковника.
…Отечественную войну 1812 года Атаманский полк начал в составе летучего казачьего корпуса атамана М.И. Платова, входившего в состав 1-й Западной армии, которой командовал генерал от инфантерии П.И. Багратион, один из любимейших суворовских учеников. Атаманцы оказались деятельными участниками во всех делах платовского корпуса.
Полковник Степан Балабин 2-й демонстрировал в каждом арьергардном бое высокое искусство командования элитным полком Войска Донского. На его личном счету в начале войны значились Мир, Романово, Иньково (или Молево Болото). Отличился в бою у деревни Кареличи, где ложной атакой полка обеспечил победный исход столкновения с французами. У деревни Климовой балабинские казаки разбивают французский отряд, обратив его в бегство.
Во всех этих арьергардных делах командир атаманцев лично водил казаков в кавалерийские схватки, не раз бывая на волоске от смерти. Слава его полка в событиях Отечественной войны 1812 года была общепризнанной и в излишних подтверждениях того не нуждается. Впрочем, «гроза 12-го года» стала одной из самых славных боевых страниц в истории всего донского казачества.
Единственным важнейшим событием той войны, в котором донцам-атаманцам не довелось участвовать, стало Бородинское сражение. До начала его полковнику Балабину было поручено с пятью казачьими сотнями (половиной полка) вести наблюдение за неприятелем на правом фланге русской армии.
Атаманцы в истории Наполеоновских войн известны и тем, что однажды они едва не взяли в плен самого Наполеона Бонапарта. Дело состоялось под Городней и обстояло так. Во время рейда по тылам французской армии под Малоярославцем император проводил рекогносцировку и опасно удалился от своего конвоя. Казаки не обратили внимания на небольшую группу всадников, стоявшую в стороне, и вступили в схватку с конвоем Наполеона. Тут к нему на выручку подоспела гвардейская кавалерия, и атака донцов была отбита.