После смерти Елизаветы Петровны монашеская жизнь там постепенно угасала. Императрица Екатерина II открыла в Смольном монастыре женское воспитательное заведение, которое позже переехало в специально для него построенное рядом здание.
Возобновить женскую обитель решил император Николай I. Правда, не на старом месте, в постройках Смольного монастыря, а подыскать новую территорию. В 1848 году монастырь было решено перевести на Московское шоссе, к Средней Рогатке. В 1854 году на территории для монахинь был построен новый каменный корпус. Но строительные работы на территории монастыря продолжались ещё несколько лет. 3 ноября 1849 года состоялась закладка пятиглавого Воскресенского собора, а первый кирпич положил сам император Николай I. Собор строился по проекту архитектора Н.Е. Ефимова и инженера Н.А. Сычёва. 2 июля 1861 года собор был освящён.
Воскресенский собор является доминантой монастыря. Собор выходит на Московский проспект высоким арочным порталом. Собор венчает пятиглавие с позолоченными чешуйчатыми луковичными куполами, которые расположены на высоких барабанах. В четырёх малых куполах располагаются звонницы.
Каждый барабан опоясывает аркада с проёмом в каждой второй арке. Внутри у собора имеется пять престолов. Росписи и образа собора выполнены монастырскими живописцами и монахинями. Полукруглый иконостас был пятиярусным. В Успенском приделе хранился Смоленский образ Божией Матери «Одигитрия», написанный игуменьей Феофанией и считавшийся чудотворным.
Монастырские кельи расположены буквой «П», выходящей передней стороной на Московский проспект. Кельи выстроены в два этажа. Окна келий имеют арочную форму, их наличники служат распорками для стрельчатых арок русского типа, завершающих каждое окно.
По бокам от Воскресенского собора расположены две церкви. С южной стороны – Афонская церковь, с северной – церковь Трёх Святителей.
Обе церкви одинаковы по внешнему виду. Они обе пятиглавые с шатровой одноярусной колокольней. Луковичные купола позолочены, шестигранный шатёр колокольни покрашен в зелёный цвет, его завершением является позолоченная луковичная главка с крестом. Фасад сверху завершают полукруглые закомары. Передний фасад изобилует арками. На каждой грани шатра прорезаны слуховые окна. В восточной части обеих церквей имеется алтарная апсида.