4 марта 1961 года впервые в мире экспериментальный полигонный комплекс ПРО уничтожил головную часть баллистической ракеты противоракетой с неядерным боевым снаряжением. В США смогли добиться подобного результата лишь через 20 лет. Летом 1961 года на сессии ООН Н.С. Хрущев известил мировую общественность о том, что в СССР создано оружие, которым, по его выражению, можно попасть «в муху в космосе».
В 1967 году был рассмотрен ряд проектов территориальной системы ПРО (варианты: «Аврора», «Таран» и др.), но они были отклонены как технически недостаточно обоснованные.
Первая система ПРО Москвы – А-35 была построена и испытана в 1977 году. Но ее боевые характеристики уже не соответствовали сильно усложнившимся к тому времени возможным вариантам налета, а также характеристикам головных частей баллистических ракет, совершавших полет под прикрытием множества ложных целей, активных и пассивных помех. Поэтому одновременно велись работы по ее модернизации.
Уже в мае 1977 года начались госиспытания модернизированной системы А-35М, которая в 1978 году была принята на вооружение и поставлена на боевое дежурство.
В это же время была задана разработка системы ПРО Москвы (система А-135) следующего поколения, способной бороться с современными БР всех типов. В 1996 году эта система была принята на вооружение. Частично в ее состав вошли и технические средства предыдущих разработок ПРО, в том числе секторные РЛС «Дунай-3М», «Дунай-3У», система передачи данных и связи, техническая база. Информация от уникальной многофункциональной РЛС «Дон-2Н» системы А-135 значительно расширила боевые возможности систем ПРН и ККП. Особенно весом ее вклад в обнаружение малоразмерных объектов (так называемого космического мусора).
На всех этапах жизненного цикла систем ПРО был организован широкий поиск современных технологий по разработке и созданию перспективных средств и систем ПРО.
В 1989 году завершена разработка крупного системного проекта по системе ПРО А-235. Были развернуты работы по исследованию и экспериментальному подтверждению направлений перспективных радиолокационных средств в различных диапазонах длин волн по темам «Руза», «Нарва», «Киев», а также оптико-электронных средств по темам «Онега-Э», «Фара», «Копье» и др.
Одновременно проводились широкомасштабные системные исследования и моделирование вариантов возможного построения комплексов ПРО ближнего, дальнего и рубежного перехватов – темы «Фон», «Фронтон» и др.