Следил Зотов и за моральным обликом наших гардемаринов. Из письма Конона царю из Франции: «Господин маршал д’Этре призывал меня к себе и выговаривал мне о срамотных поступках наших гардемаринов в Тулоне: дерутся часто между собою и бранятся такою бранью, что последний человек здесь того не сделает. Того ради отобрали у них шпаги». Немногим позже новое письмо: «Гардемарин Глебов поколол шпагою гардемарина Барятинскаго и за то за арестом обретается. Господин вице-адмирал не знает, как их приказать содержать, ибо у них (французов) таких случаев никогда не бывает, хотя и колются, только честно, на поединках, лицом к лицу».
Особенно же ценной для России была деятельность Зотова как наиболее подготовленного военно-морского разведчика. Петра очень волновали военные приготовления Турции, и Конон под видом торгового человека отправился на купеческом судне в Константинополь, где собрал все необходимые сведения, а также произвел съемку крепостей и гаваней.
Заведя необходимые знакомства, Конон занялся дипломатической работой. Здесь первому «охотнику» доводилось особенно нелегко: он боролся не только с чужими, но и со своими. Чего стоило одолеть находившегося во Франции Лефорта (племянника знаменитого сподвижника Петра), который добивался подчинения всей русской торговли одной из влиятельных французских торговых компаний. Независимость отечественной торговли удалось отстоять, но неугомонный Зотов нажил себе немало врагов в России. Сдержанный в эмоциях, все обиды он хранил в себе. И лишь иногда, когда терпеть оскорбления и несправедливость было совсем невмоготу, он в отчаянии хватался за перо: «…Мне теперь всотеро пуще, нежели бы я с пятью кораблями неприятельскими в огне горел…».
В редкие минуты отдыха, в основном ночами, переводит Зотов и переправляет на Родину в большом количестве морскую и техническую литературу, руководит обучением русских волонтеров за границей, среди которых был и В. И. Суворов (отец А. В. Суворова). Для пользы общего дела Конон не жалел ничего. В одном из своих писем из Бреста на имя секретаря царя Макарова он писал так: «Я от своей ревности все, что имел при себе, им роздал: парик, кафтан, рубахи, башмаки и деньги, одним словом, себя разорил…» Дело в том, что французское адмиралтейство, которое отвечало за обеспечение русских гардемаринов, словно в издевку удерживало у себя присылаемые им на учебу деньги, выдавая в день каждому по двенадцать копеек. Голодные гардемарины целыми днями рыскали по городу в поисках какой-либо черной работы. Ведь даже мундир стоил пятьдесят ефимков. Где уж тут думать об учебе! Конон делал для этих «нищих хлебоядцев» все, что было в его силах.