А Зотов меж тем получил новое поручение – подготовить к возможной обороне от англичан Ревельский порт. Конон, как всегда, взялся за дело основательно. Он не только укрепил оборону, но и разработал оригинальный план противодействия неприятелю с применением брандеров и изобретенных им специальных бонов «с тройными спицами для защиты». Стенки гавани Конон предложил вымазать на французский манер негорючими смолами. Но англичане так и не решились выступить на стороне Швеции. Мощь Российского флота была слишком очевидной, а решимость Петра I бороться до конца не вызывала сомнений. В 1721 году был подписан долгожданный Ништадский мир, и Россия окончательно утвердилась на балтийских берегах.
Едва отгремели праздничные фейерверки, как Зотова ждало новое назначение. В марте 1720 года он становится главным контролером Адмиралтейств-коллегии. Должность эта предполагала контроль за соблюдением законности в коллегии и выявление всех дел, идущих во вред государству. Днем Конон, не жалея сил, трудился в конторах, ночами же с не меньшим воодушевлением выполнял новый приказ Петра – готовил первый российский Морской устав. Писанное им редактировал лично царь, он же написал и свое знаменитое предисловие к доброхотному читателю. Первый Морской устав действовал на Руси без особых изменений вплоть до эпохи парового флота… Вопиющее беззаконие и воровство в Адмиралтейств-коллегии вынудили Конона обратиться к царю с докладной запиской о чинимых безобразиях. Одновременно требовал он внимания к своей должности и грамотных помощников. Записка обошлась Конону Зотову дорого. Через день после написания он был взят под стражу, якобы за клевету. Но через несколько дней, разобравшись во всем, Петр I освободил Конона и оставил в прежней должности.
Самое поразительное, что во главе недругов Конона стала его мачеха. Как мы знаем, Конон с самого начала был против шутовской женитьбы своего спивающегося отца. На этой почве сразу же обострились отношения между пасынком и мачехой Анной Еремеевной Зотовой (в девичестве Пашковой). После смерти Матвея Зотова в 1720 году противостояние пасынка и мачехи за родовое имение Зотовых Лыткарино достигло своего апогея. Именно тогда из-за интриг Анны Еремеевны и графа Матвеева, к которым с радостью присоединились многочисленные флотские недруги главного контролера, Конон Никитич и был заключен под стражу. К счастью, ненадолго. Немаловажную роль во всем этом играл пресловутый вопрос наследства. Но, получив свою часть большого поместья в селе Лыткарино, Анна Еремеевна ее уже не выпускала. Не имея детей (прямых наследников), она все же умудрилась выиграть судебный процесс и завещать зотовское имение своему внучатому племяннику (не имеющему никакого отношения к Зотовым), тогда как родной сын Матвея Зотова этот процесс проиграл.