Полковник Александр Чернышев накануне войны подал рапорт императору Александру I, в котором говорил о необходимости соединения 1-й и 2-й Западных армий.
В сентябре – октябре 1812 года во главе партизанского отряда совершил рейд на территорию Варшавского герцогства в тыл армии французов. Он преподнес немало сюрпризов захватчикам. 29 сентября, выступив из Тересполя, Чернышев занял селение Бяло, где захватил пленных и продовольственный склад с магазином. Назавтра он ступил в населенный пункт Мендзыржец и также уничтожил магазин. Далее несколько его подразделений действовали в городах Луков, Радзын, Коцк, сам же с остальным отрядом уничтожил переправу через реку Буг в районе Седльце и Дрогичин. Его казакам удалось уничтожить большой хлебный склад в Лукове, захватить пленных.
Свыше 400 верст прошел со своими офицерами и солдатами – уланами, гусарами, казаками – полковник Чернышев. Всюду уничтожал продовольствие, нападал на обозы, сеял панику в тылах врага.
В октябре 1812 года Александр Иванович получил новый приказ – затруднить движение Австрийского вспомогательного корпуса, который преследовал войска 3-й Западной армии. Вместе с казачьим полком майора Пантелеева он выдвигается навстречу неприятелю. Чернышев и здесь придает первостепенное внимание разведке. Его агенты докладывают: отряд генерала И. Мора движется к Неману, в местечко Мосты, чтобы переправиться через реку. Казаки, посланные Чернышевым, проходят на рысях сорок верст и уничтожают приготовленный для строительства переправы лес. Тем временем другие эскадроны разрушают мосты на реке Зельвянка.
Далее полк под руководством Чернышева и Пантелеева совершает рейд по тылам врага. Они вызволяют из плена генералов Винцингероде и Свечина, и еще несколько офицеров, захватывают французский пикет из двух десятков кирасир и драгун, выходят на неприятельские госпитали, уничтожают там оружие, забирают лошадей.
Рейд Чернышева длился около пяти суток. За это время казаки прошли 350 верст, уничтожая переправы, тыловые обозы, неприятельских солдат и офицеров.
За эту экспедицию Александр Чернышев получил звание генерал-майора.
Он и дальше воевал так же умело и храбро – под Мариенвердером нанес поражение войскам пасынка Наполеона вице-короля Италии Богарне, уверенно действовал против литовской дивизии при селении Цирк, и даже взял в плен командира этой дивизии. В кампанию 1813 года занял Берлин, штурмовал Люнебург и Кассель, сражался при Ганау.