Держава распалась.
Некоторые признаки самостоятельности сохранили Суздаль и Городец. Там по-прежнему сидели князья из того же старинного рода, постепенно уступавшего свои политические права Москве.
Во второй четверти XV столетия разразилась большая внутренняя война между представителями Московского княжеского дома. Воспользовавшись ею, правнуки великого князя суздальско-нижегородского Дмитрия Константиновича Василий и Федор на время восстановили особое великое княжество в составе Суздаля, Нижнего, Вятки и Городца на правах полной независимости от Москвы[4]. Они поставили на Дмитрия Шемяку, добившегося великого княжения на Москве. Если бы он победил, то в центре Руси появилось бы новое могучее государство, корнями уходящее в XIV в. Но после того, как Дмитрий Шемяка потерпел поражение и возобладал его неприятель великий князь Василий II, проект суздальско-нижегородских князей рухнул. Всякий их «суверенитет» скоро сошел на нет. С начала 1460‑х гг. коренной их вотчиной, Суздалем, безраздельно владеет старший сын и наследник Василия II – Иван III. Город просто переходит от одного московского государя к другому по наследству. Иван III раздает жалованные грамоты на села в Суздальском уезде, нимало не стесняясь прежних прав местных князей владеть этой землею. Его сын и внук подтвержают пожалования[5].
Таким образом, еще в середине XV в. предки Шуйских сохраняли положение самостоятельных правителей. Затем большинство их попало в полную зависимость от Москвы, став «служилыми князьями», но все еще «ставились» московскими великими князьями на управление старинными родовыми землями – Суздалем, Нижним Новгородом, Городцом. Там у них сохранились огромные вотчины.
Впрочем, некоторые представители рода сохранили значительную самостоятельность от великих князей московских. В 50‑х – 70‑х гг. XV столетия князь Василий Васильевич Гребенка-Шуйский помимо воли московских государей и по приглашению вечевых республик княжил во Пскове и Новгороде Великом. Он даже участвовал в войнах новгородцев против Москвы. Но в целом семейство к концу XV в. перешло на службу к московским государям.
Обыкновенно родовое прозвище «Шуйские» историки связывают с городом Шуей, «тянувшей» в старину к Суздалю. Неизвестно, была ли Шуя когда-либо центром, где имелось собственное княжение – удельный «особый стол» в рамках княжения суздальского, но исключать этого нельзя. Не известно, когда за данным населенным пунктом утвердилось название «Шуя»: к настоящему времени самый ранний источник, где оно найдено, относится к рубежу XV–XVI столетий. Но, по всей видимости, оно закрепилось за городом гораздо раньше, и древняя связь князей Шуйских с этими местами не вызывает сомнений. Под Шуей у них были обширные вотчины, а в самом городе до середины XVII в. они владели дворами