С наступлением зимы Мейнуэринг вернулся в Мамору, но нашел ее совершенно разоренной испанским флотом. Тогда он отплыл в другое пиратское гнездо – Виллафранку, принадлежавшую Карлу Эммануилу I, герцогу Савойскому. Там к нему присоединился английский пират Роберт Уолсингем. Спустя шесть недель, располагая 6 кораблями, они захватили у испанцев добычи на 500 тыс. крон. В ответ в июне 1615 года король Испании разрешил своим подданным свободно снаряжать корсарские корабли и охотиться за английскими пиратами. Одновременно были снаряжены 5 кораблей королевского флота, которые вышли в море из Кадиса в июле. Их крейсерство было недолгим: завидев в море 3 корабля Мейнуэринга, они попытались взять их числом, а не умением, однако в итоге позорно бежали в Лиссабон.
Не сумев справиться с Мейнуэрингом силой, испанский король Филипп III предложил ему амнистию и жалованье в 20 тыс. дукатов в год, но англичанин отказался перейти на испанскую службу, заявив, что он «сам себе король». Ранее он отказался также от предложения перейти на службу к бею Туниса, хотя тот предлагал ему оставлять себе из захваченных призов 50 %.
Поскольку жалобы на действия Мейнуэринга поступили в Лондон как от испанского, так и французского правительства (французы требовали компенсацию в 15 тыс. ливров за захват им французского судна), король Яков вынужден был реагировать. Он отправил в Берберию гонца, который должен был передать пиратскому вожаку следующее: если Мейнуэринг покончит с пиратским ремеслом, он будет помилован и принят на королевскую службу; если нет – король вышлет против него эскадру, которая уничтожит его корабли. Он согласился на первый вариант. В ноябре 1615 года Мейнуэринг появился у берегов Ирландии с 2 кораблями и отправил своим друзьям в Англии сообщение о своем согласии принять амнистию.
В следующем году Мейнуэринг прибыл в Дувр. 9 июня 1616 года «капитан Мейнуэринг, морской капитан, получил прощение, скрепленное Большой печатью Англии». В акте о помиловании указывалось, что «его не обвиняют ни в каком серьезном преступлении». Одновременно всеобщая амнистия гарантировалась его сообщникам, которые соглашались вернуться к мирной жизни.
Перейдя на королевскую службу, Мейнуэринг тут же организовал преследование пиратов в водах Британии. В том же году, во время одной из операций, он обнаружил на Темзе судно османских корсаров, атаковал его и освободил из рабства христианских пленников.