В ответ в январе того же года Гай Юлий Цезарь во главе своих легионов пошел на Рим, войсками которого командовал Помпей. Начало междоусобной войны в Древнем Риме ознаменовалось тем, что цезарианцы ночью перешли реку Рубикон. Перед этой переправой полководец сказал свои знаменитые слова: «Жребий брошен!» Опытные войска Цезаря начали повсеместно теснить армию Гнея Помпея и всего за два месяца овладели Северной Италией.
Помпей пытался защитить Вечный город от цезарианцев. Но в сражении при Илерде в 49 г. до н. э. потерпел полное поражение и с остатками своих легионов (примерно 25 тысяч человек) и со своими сторонниками-сенаторами отступил из Рима через Бриндизи в Грецию столь поспешно, что даже не успел захватить с собой государственную казну.
Гай Юлий Цезарь во главе обожествлявшей его армии отправился сперва в Испанию, где Гней Помпей был наместником и где находились семь верных ему легионов под командованием военачальников Афрания и Петрея. В июле 49 г. до н. э. войско помпеянцев было блокировано, и 2 августа Цезарь принудил испанские легионы к сдаче. Он сперва распустил их, а затем пополнил оказавшимися «без работы» легионерами Афрания и Петрея собственную армию. Только после этого правитель Рима морем отправился с войсками в Грецию.
Оказавшись на греческой земле, Помпей разбил походный лагерь неподалеку от города Диррахия в Эпире и хорошо укрепил его. Подошедший Цезарь расположил свою армию между городом и вражеским лагерем, перерезав таким образом главные неприятельские коммуникации. Это вынудило Помпея атаковать боевые порядки цезарианцев. Потеряв в бою тысячу легионеров, он все же прорвал их ряды и вынудил противника отступить.
Осенью 49 г. до н. э. не покинувшие Рим вместе с Гнем Помпеем сенаторы торжественно провозгласили Цезаря диктатором. С этого дня он стал фактически монархом. Римской республике пришел конец.
Затем состоялось известное сражение в Фессалии при Фарсале 9 августа 48 г. до н. э.: Помпей имел под своим командованием 50 тысяч человек, а Цезарь – в два раза меньше. В начале битвы помпеянская конница отбросила конницу противника, но, увлекшись ее преследованием, попала под неожиданный удар легионов Цезаря. После этого ей пришлось обратиться в бегство, увлекая за собой пеших воинов. В этой битве победители потеряли всего 200 человек, а побежденные – 8 тысяч, не считая еще 20 тысяч, сдавшихся в плен.