При его непосредственном участии утвердился переживший потом десятилетия порядок рассмотрения вопросов на заседаниях Политбюро ЦК. Заведующий бюро разделял озабоченность секретарей ЦК большим процентом «лапши» из незначительных, второстепенных вопросов, поэтому была установлена следующая процедура. В течение недели каждый из помощников секретарей ЦК аккумулировал у себя поступавшие из наркоматов и других ведомств материалы для возможного рассмотрения на Политбюро. По понедельникам Лев Захарович собирал у себя помощников генерального секретаря, секретаря Политбюро, своего помощника, дежурного секретаря, ведающего контролем за исполнением ранее принятых решений, для рассмотрения предварительной повестки дня заседания Политбюро. Он заслушивал краткие доклады о результатах работы, проведенной с поступившими материалами, и решал, какие вопросы остаются в повестке дня, а какие следует исключить. Выработанный в ходе совещания документ представлялся секретарям ЦК, а затем Сталину, который и принимал окончательное решение.
Такие факты весьма выразительно свидетельствуют о чисто аппаратных, но оттого не менее значительных возможностях Мехлиса влиять на решение важнейших для партии и страны вопросов. Его не тяготила большая ответственность (к примеру, за ним оставалось последнее слово при решении, кого из номенклатурных работников можно проинформировать по тому или иному решению Оргбюро или Секретариата; в определенных случаях он был единственным, кто, кроме секретарей ЦК, мог дать разрешение снять печати с секретных помещений ЦК, и т. п.). По некоторым признакам видно, что он был не прочь расширить рамки своих обязанностей, как партийного функционера, и, если удастся, войти в круг публичных политиков. Так, в одном из документов, направленном руководству и определявшем круг лиц, которым целесообразно предоставить право присутствовать на всех заседаниях Политбюро и пленумах ЦК, он среди других назвал и себя, правда, одним из секретарей ЦК был вычеркнут из списка.
Этот период в жизни партии, в том числе ее аппарата, отмечен острой фракционной борьбой за власть, во многом незримой, но от того не менее напряженной и жестокой. Чтобы не потеряться в ее атмосфере, нужно было определиться: за кого ты? Факты говорят о том, что он, не колеблясь, с самого начала встал на сторону Сталина. В первую очередь это относится к противостоянию генсека с Троцким. В силу своего положения Мехлис не только был в курсе закулисных встреч Сталина с Каменевым и Зиновьевым, союзниками по антитроцкистскому «триумвирату», но и организационно обеспечивал их. Как и другие помощники вождя, он всецело разделял ненависть своего руководителя к Троцкому и соответственно настраивал весь аппарат бюро Секретариата.