Пугачевцы разбили присланный на их подавление большой отряд генерала Кара. В Берде было повешено около сорока попавших в плен офицеров. Войско Пугачева к зиме увеличилось до пятнадцати тысяч человек. Пугачев до весны 1774 года просидел под Оренбургом и потерял время. На него двинулись регулярные войска генерала А.Бибикова. 25 марта его войско было разгромлено под крепостью Татищевой. Несколько тысяч восставших было убито, три тысячи крестьян и триста яицких казаков попали в плен. Пугачев с казаками убежал в Башкирию. В половине России началось подавление восстания. Пугачева вышибли и оттуда, в боях он потерял всех своих ближайших соратников. Император приходил в себя в степных хуторах. Казалось его восстание было подавлено. Пугачев поднял новое восстание на Урале, сделав свою ставку у горы Магнитной, куда к нему массами стекались башкиры, крестьяне, беглые и горнозаводские рабочие. Для устрашения восставших из Екатеринбурга к ним прислали башкира с отрезанными носом, ушами и пальцами. В ставке начался пьяный разгул. Помощник Пугачева вылил вино из бочек, но люди лакали водку из грязных луж и бушевали по улицам. Казак-император укрепился на обоих берегах Камы, набрав семь тысяч войска с двенадцатью пушками.
В занятом Ижевске Пугачев объявил поход на Казань. Он говорил, что «народу у меня как песку и я знаю, что чернь меня с радостью примет».
12 июня 1774 года двадцатитысячное пугачевское войско с четырех сторон атаковало Казань и ворвалось в город в двух местах. Казань запылала в десяти местах, гарнизон с генералом П.Потемкиным защищался в казанском кремле. В городе шла резня, пьянство, грабежи: «Везде слышались вопли, рыдания, стоны, частые крики «коли его». Перед глазами родителей кидали в огонь младенцев, женщин насиловали до смерти, убивали укрывавшихся в церквях. Из трех тысяч домов сгорело более двух тысяч. Резня и пьяный загул длились сутки. Утром двенадцать тысяч пугачевцев атаковали восемьсот отчаянных конников подполковника И.Михельсона. В трехдневном бою Михельсон трижды громил Пугачева, который опять бежал с четырьмя сотнями казаков, остальные восставшие были убиты или разбежались. Пугачев прорвался на правый берег Волги и пошел на Чебоксары. В Поволжье загорелись помещичьи усадьбы и начались сумасшедшие грабежи. 31 июля 1774 года он объявил свой новый манифест: