Новый глава государства избирался на общем сейме с титулом – король Польский, Великий князь Литовский, Русский, Прусский, Мазовецкий, Жемайтский, Киевский, Волынский, Подляшский и Инфляндский. Великий князь Литовский отдельно больше не избирался. Права поляков, литовцев и белорусов уравнивались. Сохранялся титул княжества, его печать, княжеству оставлялись некоторые суверенные права. Однако на практике все было не совсем так. Например, в сейме Речи Посполитой из 180 депутатов на литовцев приходилось 46 мест, на белорусов – 34. Католики формально имели намного больше прав, чем православные.
Избранный королем Речи Посполитой Стефан Баторий не стал ставить Великое княжество Литовское в подчинение Короне. Это помогло ему свести на нет почти все достижения Московского царства в Ливонской войне, чему, впрочем, сильно способствовала и «деятельность» московского царя Ивана Грозного.
Люблинская уния была дополнена религиозной Брестской унией 1596 года. Современный белорусский историк А. И. Котов писал:
«Для окончательного оформления унии 6 октября 1596 года в Бресте был созван церковный собор, куда съехались представители православной и католической церкви, руководство ордена иезуитов, посланники Ватикана и крупные магнаты Польши и Великого княжества Литовского. Они раскололись на два лагеря – сторонников и противников унии, которые прокляли друг друга. Уния, которую поддерживали Ватикан, король, канцлер Великого княжества Литовского и весь государственный аппарат, была подписана. Таким образом 6–9 октября 1596 года на церковном соборе в Бресте на основе белорусско-украинского православия было оформлено новое направление в христианстве – униатство. Униатская церковь сохранила прежние обряды, церковно-славянский язык богослужения, но подчинялась папе римскому и католическому вероучению.
Эта церковная реформа вызвала определенную переориентацию всей духовной жизни Беларуси с Востока на Запад, а также преобразования во многих странах общественного развития».
После 1596 года в Беларуси действовали три религии, три церкви: римско-католическая, греко-католическая (униатская) и православная.
В 1604–1612 годах Речь Посполитая приняла более чем активное участие в русской Смуте. «Благодаря» этому государство втянулось в череду постоянных войн, приведших к упадку и трем разделам Речи Посполитой. В период русско-польских войн середине XVII века в восточных белорусских землях погиб каждый пятый житель. Десятилетиями в Беларуси велись боевые действия. В самой Польше с середины XVII века шла фактическая гражданская война. Белорусский историк А. И. Котов писал: