В 1516 г. Владислав Ягеллон умер, оставив корону малолетнему сыну Людвику. В Чехии сразу же развернулась борьба за власть между феодалами и королевскими привилегированными городами, к которым относилась и Прага. Противостояние началось еще при Владиславе. Королевские города боролись за сохранение своих прав, самоуправление и ограничение конкуренции со стороны городов, принадлежащих феодалам.
В 1517 г. было подписано Святовацлавское соглашение между союзом 32 королевских городов и крупными феодалами, согласно которому города получали судебную независимость. В 1518 г. союз организовал комитет с резиденцией в Праге и создал свое войско, однако вскоре городам пришлось уступить и отказаться от некоторых своих привилегий, в частности от монопольного права на изготовление и продажу пива.
Повзрослевший король Людвик Ягеллон в 1523 г. решил оказать поддержку городам, чтобы обуздать феодалов, однако вскоре был вынужден покинуть Чехию и ситуация вновь обострилась, чему во многом способствовало широкое распространение в стране идей немецкой Реформации.
В 1526 г. Людвик погиб в сражении с войсками турецкого султана, и власть в Чехии перешла к представителю династии Габсбургов, австрийскому эрцгерцогу Фердинанду (1526–1564).
Вступив на чешский престол, Фердинанд первым делом решил ограничить самостоятельность городов. Он упразднил объединенный совет Старого и Нового Места и запретил общегородские собрания.
Фердинанд был ревностным католиком, в то время как большинство чехов были сторонниками реформированной после Гуситских войн церкви. Несмотря на это, в начальный период своего правления он спокойно относился к свободе вероисповедания, однако уже в 1530-х гг. стал резко выступать против гуситских церковных реформ и препятствовал распространению идей Реформации. В стране назревало недовольство действиями короля, которое вылилось в открытый конфликт после того, как Фердинанд выступил на стороне католиков в войне против протестантов в Германии.
Когда Фердинанд попытался собрать в Чехии ополчение для похода на протестантов, все чешские сословия открыто выступили против него. В 1547 г. в Праге на земский сейм собралось несколько сотен противников короля со всей страны, в числе которых были представители феодалов и горожане. Участники сейма составили программу, в которой выдвигались требования регулярного созыва сейма, восстановления общегородских собраний в Праге и других городах, исключительное право на чеканку чешской монеты.