С середины XII в. пражские районы стали быстро застраиваться, причем ведущее место в застройке занимали церковные сооружения – соборы, часовни и базилики. В это время появились первые здания, выполненные в раннеготическом стиле, например синагога пражских евреев, которая в настоящее время является самой старой из сохранившихся в Европе. Помимо религиозных сооружений, в готическом стиле стали строить жилые дома и торговые лавки.
В XIII в. Прага стала крупнейшим в Чехии городом, с которым не могли сравниться по размерам и численности населения все остальные чешские города.
К середине XIV в. столица Чехии состояла из трех отдельных городов – Старого города (Старое, или Старе, Место), Малой Страны и Градчан – городка, основанного в 1321 г. бургграфом Берке. Старый город возник из слияния купеческой слободы рядом с Тыном, которой был пожалован статус города, и Гавельского города – района вокруг церкви Св. Гавла.
Начало возвышению Праги положил еще король Пршемысл Отакар I, обладавший прекрасными дипломатическими способностями. В 1212 г. он добился от императора Священной Римской империи Фридриха II официального признания самостоятельности Чешского королевства. При его преемниках Вацлаве I и Пршемысле Отакаре II, благодаря их активности во внешней и внутренней политике, значительно возрос авторитет чешских королей среди других европейских правителей, а следовательно, укрепилась и роль Праги как столицы государства.
Вацлав II, правивший в 1283–1305 гг., понимал, что города являются его главной опорой в противостоянии с феодальными князьями. Сильная городская аристократия помогала ему противостоять знати и сохранять политическое равновесие, поэтому он покровительствовал городам, давая им различные привилегии. Вацлав II упорядочил законы, установил контроль над важнейшим источником доходов в казну – торговлей серебром и золотом, а также централизовал выпуск единой чешской денежной единицы. С этого времени Прага приобрела исключительное право на выпуск серебряного пражского гроша.
Вацлав III добился существенных успехов в расширении государства – присоединил некоторые польские земли, а в 1300 г. добился польской короны в дополнение к чешской. В 1301 г., после того как пресеклась венгерская династия Арпадов, он посадил на венгерский престол своего сына. Прага, благодаря Вацлаву III, стала столицей довольно значительной территории.