Преемник Вацлава II, Вацлав III, умер очень рано, в 1306 г., и на этом род Пршемысловичей по мужской линии пресекся. Развернулась борьба за чешский престол, в которой победил Ян, сын императора Генриха VII Люксембургского.
В 1310 г. чешская знать избрала Яна Люксембургского королем при условии, что он вступит в брак с дочерью Вацлава II Элишкой, а также сохранит привилегии дворянства.
Ян неоднократно пытался урезать власть феодальных князей, из-за чего они постоянно возмущались, а в 1318 г. даже подняли мятеж, так что новому королю пришлось пойти на уступки и отказаться от притязаний на абсолютную власть.
Крупные города, в том числе и Прага, пользовавшиеся определенными привилегиями еще при предыдущих правителях, требовали от Яна Люксембургского предоставления им новых привилегий и свобод, взамен выдавая ему кредиты. Вскоре король отказался от проведения какой-либо целенаправленной политики и фактически отстранился от управления государством, посещая его только для сбора налогов. Это привело к тому, что Чехия стала терять авторитет в Европе, замедлилось ее экономическое развитие.
При Яне Люксембургском впервые возникло городское самоуправление – в 1338 г. была учреждена ратуша в Старом Месте. Королю пришлось предоставить эту привилегию горожанам, так как он находился в финансовой зависимости от них. Позже городским властям было дано разрешение на подготовку собственного Законника, и утверждена судебная независимость Праги от других чешских городов.
Несмотря на то что зависимость короля была выгодна и князьям, и городскому патрициату, они считали, что только сильная королевская власть поможет преодолеть назревавший в стране экономический кризис.
Сильного правителя видели не в Яне, а в его сыне, Карле, который, несмотря на юный возраст, проявлял прекрасные дипломатические способности и пользовался авторитетом как в Чехии, так и в других государствах Священной Римской империи.
В 1333 г. Ян присвоил Карлу титул маркграфа моравского и передал ему практически все свои полномочия. Карл прежде всего вернул все захваченные знатью владения и предоставил городам и чешской церкви привилегии, которые обеспечили ему независимость не только от чешской, но и от немецкой аристократии. Первым значительным достижением Карла стало учреждение в 1344 г. Пражского архиепископства и освобождение чешской церкви от подчинения архиепископу немецкого города Майнца.