С середины 60-х гг. Э.С. Маркарян приступил к разработке основ культурологии как самостоятельной интегративной дисциплины, обладающей особым статусом в структуре социально-гуманитарных наук. Им были разработаны концепции общества как универсальной адаптивно-адаптирующей системы; деятельности людей как специфической разновидности информационно направляемой активности живых систем; культуры как универсального надбиологического способа (технологии) человеческой деятельности. Основная идея концепции человеческого общества как универсальной адаптивно-адаптирующейся живой системы заключается в том, что общественная жизнь людей, благодаря важнейшему и породившему ее явлению культуры, наделена исключительно большими преобразовательными возможностями. Диспропорциональное технократическое использование этих возможностей, поставленное на службу неуемного потребления, экономического роста и гонке вооружений, породило сегодня угрозу самому существованию человеческого рода.
Культура при должной ее интерпретации позволяет, согласно его мнению, выявить сокровенные тайны того вида жизни, который характерен для человеческого бытия, установить законы его эволюционной самоорганизации. Они проявляют себя в процессах воспроизводства и развития общественной жизни людей. Культура как раз и является универсальным надбиологическим способом этой самоорганизации, выраженной в поразительно многогранной человеческой деятельности. Маркарян рассматривает культуру как сложную интегративную систему, являющуюся специфическим модусом социальной самоорганизации. Именно благодаря культуре деятельность людей стимулируется, мотивируется, программируется, исполняется, исторически же выработанные ее типы воспроизводятся и изменяются. Согласно Маркаряну, культура возникла как система средств регуляции взаимоотношений между людьми, их объединениями, между ними, а также между обществом и физической и биологической природой. Что касается цивилизации, то это культура, которая в результате длительной эволюции приобрела качественно такие новые атрибуты, как государственная власть, социально-классовая стратификация, урбанизация, письменность и ряд других.
С начала 80-х гг. он заложил также и теоретические основания интегративной науки о динамике традиций, названной им