Тут-анх-Амон умер в возрасте 18 лет, и его молодая вдова тут же написала правителю хеттов с просьбой сделать одного из его сыновей ее мужем. Предложив руку хеттскому царевичу, она автоматически превращала его в наследника египетского престола и будущего фараона. Однако в окружении Эхнатона был уже упомянутый нами жрец Амона по имени Эйе, ставший одним из самых ревностных почитателей единого бога Атона и достигший высокого положения при Эхнатоне. После смерти Эхнатона Эйе публично объявил себя приверженцем Амона. При Эхнатоне он достиг высоких постов и получил высокие титулы и теперь, со смертью Тут-анх-Амона, считал, что только единственное препятствие в виде молодой вдовы может помешать ему получить царский сан. Существовал единственный способ устранить это препятствие. Хеттский царевич, претендент на египетский трон, был убит на пути в Египет людьми Эйе, и молодая царица исчезла из истории, не оставив следа.
Некоторые современные историки заканчивают XVIII династию правлением Эйе и начинают XIX династию с правления Харемхеба (Хоремхеба), поскольку он выступает как великий реформатор, восстановивший порядок после хаоса, вызванного пренебрежительным отношением его предшественников. Однако, поскольку он тесно связан с телль-эль-амарнским периодом, похоже, женился, но не оставил наследников, его, по всей видимости, лучше причислять к XVIII династии.
Харемхеб датировал свое правление со смерти Аменхотепа III, не принимая во внимание годы правления Эхнатона, Сменх-ка-Ра, Тут-анх-Амона и Эйе. Годы их правления были причислены к годам царствования Харемхеба. При Эхнатоне Харемхеб стал главнокомандующим египетским войском и советником фараона. Это обстоятельство позволило ему вместе со жрецом и визирем Эйе стать регентом при малолетнем Тут-анх-Амоне. После смерти Эйе на празднике в честь Амона Харемхеб при поддержке фиванских жрецов был провозглашен царем Египта, якобы по инициативе самого бога.
Его основной работой было законотворчество; он не только создавал законы, но и настаивал на их претворении в жизнь. Хотя его правление было недолгим, он многого успел достичь. Харемхеб восстановил порядок в стране и избавил Египет от хаоса, в который его погрузили Эхнатон и его единоверцы. Он продолжил преследование приверженцев культа Атона, введенного Эхнатоном, и был ответствен за беспощадное уничтожение, которому подверглась столица Эхнатона, Ахетатон. В то же время он был строителем, улучшившим и достроившим многие храмы, посвященные разным богам. У него не было наследников, и на нем оборвалась прямая ветвь XVIII династии.