Пока Александр был в походе, персидский царь Дарий III Кодоман, который полностью представлял себе намерения македонцев, испробовал старый безотказный трюк – подкупил греков, вынудив их сражаться друг с другом. Спарта, не входившая в члены Коринфской лиги, взяла у него деньги; так же поступил и Демосфен от имени Афин, хотя официально город отказался; Фивы, наверное, тоже не упустили своего. Поползли слухи о том, что в северных землях Александра убили, для доказательства были сфабрикованы улики. Фиванцы восстали и напали на македонский гарнизон, расположенный в городской цитадели; Афины решали, не следует ли предпринять какие-либо серьезные шаги, когда как гром среди ясного неба свалился Александр со своей армией, взял штурмом Фивы (при этом погибли 6 тысяч жителей в уличных боях) и приказал сровнять город с землей. К Афинам он отнесся с величайшим вниманием не только под влиянием эмоций, так как считал их сердцем греческой культуры, но и по практическим соображениям: Афины обладали могущественным флотом. Как правило, для любого поступка у Александра находилось не меньше двух причин.
Теперь свой опорный пункт в Греции царь мог считать надежным. Зимой 335 года Александр направился к проливу, отозвал Пармениона с занятого плацдарма и начал готовиться к вторжению. Можно быть уверенным, что с самого начала он отказался от отцовской концепции ведения ограниченной войны ради сохранения Греции и нацелился на завоевание Персидской империи и структуры, на которую она опиралась. Ожидалось, что его долго не будет в Греции; управлять македонско-греческими делами он оставил Антипатра, наделив его военными полномочиями и 9 тысячами македонских солдат. В ведении Олимпии, королевы-матери, находилось управление гражданскими делами, хотя зоны влияния королевы и полководца в некоторой степени перекрывались. Эти двое ненавидели друг друга, и можно было надеяться, что им удастся достичь определенного динамического равновесия.
Армия вторжения насчитывала 30 тысяч пехоты и 5 тысяч конницы. Кроме македонской регулярной армии, в нее вошел сильный контингент войск Лиги из традиционных греческих гоплитов и отряда фессалийской конницы. Во всех предыдущих войнах основной целью было обнаружить армию врага, разбить ее и после этого захватить вражеские города; Александр внес в свои действия такое же невиданное, как введенное Филиппом объединение родов войск, – стратегический план. Для двадцатиоднолетнего юноши, который от нетерпения не мог усидеть на месте, это был удивительный план: очистить все западное побережье Азии и лишить баз находящиеся на службе у Персии флоты, предотвратить таким образом контрнаступление на македонские коммуникации или в глубь Греции. Александру была прекрасно известна слабость уз, связывавших персидские провинции с центром, причиной которой была система местной автономии; он полагал, что провинции с готовностью перейдут на сторону сильного, а также что Дарию понадобится немалое время, чтобы собрать армию на борьбу с Александром.