Развивавшаяся вокруг этих поселений цивилизация, известная под названием Новая империя, представляет собой последний всплеск в расцвете гения майя. В течение примерно 100 лет искусство и архитектура майя процветали так же, как и в великие дни Старой империи или классического периода. Затем наступил перерыв, вызванный гражданской войной, двумя главными противниками в которой были жители городов Чичен-Ица и Майяпан. Считается, что город Чичен-Ица населяла народность ица, родственная майя, а в населении Майяпана преобладали индейцы с центрального плато Мексики. Последние призвали себе в помощь наемных воинов со своей родины и, в конце концов, в 1194 году одержали победу над ица. Затем примерно в течение 250 лет сохранялся относительный мир. Но мир этот был непрочным, ибо методы правления победителей из Майяпана были довольно жестокими. В 1441 году покоренные народы восстали, убили своих правителей и разграбили город Майяпан.
Положение быстро ухудшалось. Юкатан распался на многочисленные города-государства, ведущие почти непрекращающиеся войны друг с другом. Жизнь городов приходила в упадок, а вместе с ней чахли созданные цивилизацией искусство и культура. Разрушительный ураган, обрушившийся на полуостров в 1464 году, ускорил этот процесс. Как полагают, возникавшие эпидемии тоже сыграли свою роль.
Народность ица снялась с места и устремилась на юг в близлежащие к Тикалю районы, где они поселились в Таясале, городе покинутом ими в IX веке. Там, под покровом практически обезлюдевших к тому времени джунглей с нездоровым климатом, они сохраняли свою независимость до 1697 года, когда испанский военачальник Мартин де Урсаа взял штурмом город Таясал.
Таково краткое, пожалуй, даже слишком краткое изложение истории майя. Страстное увлечение майя календарем предоставило в наше распоряжение большое количество дат, но имеющиеся записи до сих пор не расшифрованы, поэтому многие события могут по-разному толковаться различными специалистами. Путаницу вносит и то, что ряд имен дублируются. Например, существуют два Кукулькана, которых разделяют несколько столетий. Первый из этих героев с годами видоизменился и превратился в божество, но дополнительная путаница возникает из-за того, что Кукулькан на языке майя означает то же самое что и Кетцалькоатль – «пернатый змей».