В феврале 1815 года Наполеон бежал с острова Эльба. В следующем месяце он с триумфом вступил в Париж, и война началась снова.
Лорд Фитцрой отвез беременную жену в Брюссель и 18 июня уже находился в штабе герцога Веллингтона в Ватерлоо, куда они вместе выехали из Брюсселя утром 16 июня. В течение следующих трех дней он вновь выполнял обязанности главного адъютанта герцога. На исходе третьего дня шальная пуля раздробила ему локоть правой руки. Он сам пришел в здание, где размещался полевой госпиталь, и обратился к дежурному хирургу. Хирург попросил его лечь на стол и ампутировал руку выше локтя. Лорд Фитцрой не издал ни единого стона. Лежащий в той же маленькой комнате раненый герцог Орангский не подозревал, что его соседу делали операцию, до тех пор, пока тот не обратился к хирургу со словами: «Эй, принесите-ка мою руку назад. Там на пальце кольцо, которое надела мне жена».
На следующий день Веллингтон написал герцогу Бьюфорту:
«Мне очень жаль, но я вынужден сообщить, что Ваш брат Фитцрой тяжело ранен и потерял правую руку. Я только что навестил его. Он чувствует себя настолько хорошо, насколько это возможно в данных обстоятельствах. Признаков заражения нет. Вы знаете, насколько он всегда был мне необходим и как мне теперь будет не хватать его помощи, а также с каким искренним уважением я всегда к нему относился. Поверьте мне, я очень за него волнуюсь… Надеюсь, что скоро он снова сможет присоединиться ко мне».
Лорд Фитцрой не заставил себя долго ждать. Как только выздоровел, он вновь вернулся в Париж к своим обязанностям секретаря посольства. Герцог Веллингтон теперь командовал оккупационными силами. Фитцрой сопровождал герцога в командировках в Вену и Верону. В 1818 году, когда оккупационные войска были выведены из Парижа и лорд Веллингтон получил назначение в Лондоне на должность командующего артиллерией, Фитцрой продолжал службу в качестве помощника своего знаменитого начальника. В 1827 году умер герцог Йоркский, и лорд Веллингтон получил его должность главнокомандующего вооруженными силами страны. Фитцрой и тогда не оставил своего патрона.
В тридцать девять лет он был уже генерал-майором, кавалером ордена Бани, австрийского ордена Марии-Терезии, русского ордена Святого Георгия, баварского ордена Максимилиана-Иосифа, португальского ордена Башни и Меча. Он был адъютантом короля Георга IV, почетным гражданином города Глочестера, членом парламента. По поручению правительства выполнял важную дипломатическую миссию в Мадриде и вскоре вместе с герцогом Веллингтоном собирался отправиться в поездку в Санкт-Петербург. Он снискал себе огромную любовь и уважение. Сопровождая Веллингтона в Оксфорд, где тот получил звание канцлера, Фитцрой, в свою очередь, получил почетную ученую степень. Вспоминая об этом событии, его брат писал, что «вид пустого рукава Фитцроя подействовал на присутствовавших подобно электрическому разряду. Последовал такой шквал аплодисментов, какого аудитория этого здания наверняка никогда ранее не слышала».