Научные взгляды Эрвина Панофского сформировались под воздействием классической немецкой философии, Я. Буркхарда и В. Дильтея. Под влиянием идей А. Ригля, пытавшегося найти некую движущую силу истории искусства, Панофский пишет работу «Немецкая пластика с одиннадцатого до тринадцатого века» (Die deutsche Plastik des elften bis dreizehnten Jahrhunderts. V.1–2. – Munchen, 1924). Панофский испытал также влияние М. Дворжака. Ему была близка его идея рассматривать историю искусства как часть общего развития человечества.
Для рубежа веков было характерно увлечение лингвистикой, когда зародилась наука семиотика, применявшаяся к разным областям знания. Не обошло это увлечение и искусствознание. Историки искусства стремились найти такой язык науки, который мог бы адекватно выразить способы «репрезентации» художественных образов. Так возникла наука иконология, основателем которой можно считать А. Варбурга. Продолжая исследование А. Варбурга над гравюрой «Меланхолия», которую Варбург не смог довести до конца из-за болезни, Панофский создал одну из лучших иконологических штудий Дюрера – «“Меланхолия 1” Дюрера» (Durer «Melencolia I»: Eine quellen– und typengeschichtliche Untersuchung. Studien der Bibliothek Warburg 2. – Leipzig/Berlin, 1923). К иконологическим штудиям можно отнести и следующие его две работы – о трансформации образа Геркулеса от античности до Ренессанса, рассмотренные им через многочисленные смысловые метаморфозы в эпоху Средневековья (Hercules am Scheidewege und andere antike Bildstoffe in der neueren Kunst. / Studien der Bibliothek Warburg 18. – Leipzig/ Berlin, 1930) и написанное совместно с Фрицем Закслем и изданное уже в Америке исследование об изменении и переосмыслении античных мифов в средневековом искусстве (Classical Mythology in Medieval Art. – Metropolitan Museum Studies, № 1933).
Но самое значительное влияние на воззрения Эрвина Панофского оказала философия Э. Кассирера, с которым Панофского связывали узы дружбы, – Панофский ходил на его лекции, и Э. Кассирер был его покровителем. Под влиянием «Философии символических форм» Э. Кассирера, Панофский написал такое известное на Западе и лишь в отрывках переведенное на русский язык исследование «Перспектива как символическая форма» (Die perspektive als «symbolische Form». Vortrage der Bibliothek Warburg 1924–25. – Leipzig/ Berlin, 1927).