В кьёккенмёдингах сохранилось огромное количество костей рыб. Как правило, они принадлежат породам рыб, которые несложно поймать в неглубоких бухтах, особенно во время прилива: это окунь, кефаль, луциан и морской лещ. Кости рыб, обитающих в более глубоких местах – тунца, акулы, ската дазиатиса, а также кита, – встречаются крайне редко, что, учитывая высокий уровень развития рыболовства, кажется довольно странным. Небольшой процент раковин в кьёккенмёдингах составляют раковины моллюсков, обитающих на глубине от одного до 4 метров.
Рыболовные крючки из кости и гарпуны попадаются в раковинных кучах равнины Канто и вокруг залива Сендай сравнительно часто. В кьёккенмёдингах самого раннего периода эпохи Дзёмон крючки встречаются редко, и, как это ни удивительно, они почти полностью отсутствуют в периоды Ханадзуми, Секияма и Мороисо раннего Дзёмон, а в период Кацусака и позднее их становится все больше и больше. Гарпуны были изобретены только в среднем периоде Дзёмон, примерно тогда, когда получили распространение выдолбленные из стволов деревьев лодки. Вероятно, широкое использование лодок-долбленок объясняется совершенствованием орудий труда, которые в период Кацусака сначала имели несколько другое предназначение – для строительства жилищ. Судя по всему, люди быстро обнаружили, что с их помощью значительно проще и быстрее делать лодки. Длинные гарпуны с несколькими зубцами по бокам свидетельствуют о том, что люди позднего периода Дзёмон отваживались выходить в море довольно далеко. Самый длинный из этих гарпунов имеет 5 пар зубцов; гарпуны с меньшим количеством зубцов могли быть как длинными, напоминающими копья, так и изогнутыми. Наличие острых наконечников означает, что люди взяли на вооружение новые методы ловли рыбы. Хвостовые шипы скатов иногда использовали в качестве игл для шитья.
В реках северных районов Японии и вдоль побережья было много лосося; в наши дни он водится и южнее, включая реку Тоне. Нет сомнения, что к концу неолита он стал одним из основных видов пищи для северных народов, поэтому его изображения часто вырезали на камне. Несколько таких изображений – можно предположить, что они были своего рода фетишами, – сохранилось в Тохоку. Всего известно шесть камней с высеченными рисунками. Наиболее четкие и похожие на оригинал найдены в городе Ядзима, префектура Акита: на камень нанесены силуэты 12 лососей различных размеров, каждый примерно вполовину меньше реальной величины; головы рыб обращены в разные стороны; иногда их силуэты перекрывают друг друга. Точно датировать изображение не представляется возможным, поэтому, судя по обнаруженной рядом с ним керамике эпохи Дзёмон, было решено относить его к этому же времени.