Еще в 1880-х годах с целью распространения Православной веры в Туркестанском крае и духовного просвещения азиатских кочевников, Святитель Туркестанской кафедры Преосвященный Епископ Александр (Кульчицкий) вознамерился зажечь на берегах Иссык-Кульского озера миссионерскую путеводную звезду.
Монастырь был основан 1 мая 1881 года. В этот день было освящено место в долине Курменты на берегу узкого залива озера Иссык-Куль, в 12 верстах от села Преображенского. В тот день был возведен деревянный крест. Монастырь освятили в честь Святой Троицы, так как приезд его основателя – архиепископа Александра на Иссык-Куль совпал с праздником Троицы. Будущему монастырю были отведены 530 десятин 1100 сажен плодородной земли.
Первые насельники монастыря приложили много трудов для возведения монастырских стен и зданий и устроения хозяйства, терпя недоброжелательное отношение кочующих племен, оборачивающееся нередко открытым нападением на послушников и потравой монастырских пастбищ.
Умножение братии последовало в 1886 году, когда в монастырь приехали 11 иноков из Свято-Михайловской Закубанской пустыни, а в 1894 году на берега величественного Иссык-Кульского озера решили отправиться с острова Валаам восемь иноков во глав с игуменом Севастианом, неся с собой дух Валаамской обители.
Несколько лет спустя, уже в начале ХХ столетия, в монастырь были приглашены из Рождество-Богородицкой Глинской пустыни Курской епархии несколько иноков, в числе которых были монахи Серафим, Феогност и Анатолий.
http://days.pravoslavie.ru/Life/life4747.htm
В Свято-Троицкий монастырь из далекой Курской епархии монахи добирались не один месяц – путь на окраины Российской империи был длинен и тягостен.
На современной карте путь бы представлялся так. Из Глинской пустыни – до города Сумы, оттуда – более 100 км до Белгорода. Оттуда – больше 600 км до Волги, а затем еще почти 500 км до Оренбурга, а там – более 200 км до Актобе. А дальше – почти полторы тысячи километров по пустыне и выжженным степям. Только после этого перед путниками возникли предгорья Тянь-Шаня. Далее – путь в сотни километров по извилистым ущельям, через высокогорные перевалы. Ночью в горах минусовая температура, а днем, на солнцепеке – жара за 40 градусов. Снежные вершины сверкают под солнцем так, что если глядеть на них без специальных волосяных очков, то в считанные часы можно ослепнуть.