Понадобилось время, чтобы пришло понимание первоочередной важности внутренних, а не внешних угроз России. В военной доктрине РФ 1993 г. г. внешние источники угрозы российской безопасности еще стоят на первом месте (упоминаются локальные конфликты вблизи российских границ, территориальные претензии к РФ со стороны иностранных держав, расширение военных альянсов и т. д.)[6]. Лишь в концепции национальной безопасности 1997 г. впервые была четко сформулирована мысль о том, что наиболее серьезные угрозы безопасности страны проистекают не извне, а изнутри самой России, и к их числу относятся такие факторы, как системный экономический кризис, социально-политическая напряженность, национализм, религиозный экстремизм, сепаратизм, терроризм и пр.[7].
В-четвертых, России пришлось фактически заново создавать механизм национальной безопасности, ибо унаследованный от СССР аппарат не соответствовал новым реалиям и был не в состоянии справиться со стоявшими перед страной задачами. Потребовалась радикальная реорганизация вооруженных сил, спецслужб и других «силовых» структур, чтобы придать этому механизму более или менее адекватную форму.
В-пятых, России пришлось считаться со сложившейся после окончания «холодной» войны новой геополитической ситуацией. На европейском континенте в лице ЕС возник новый полюс силы, обладающий не только экономическим, но и военно-политическим измерением. Одновременно НАТО постаралась укрепить свои позиции за счет приема новых членов и расширения сферы своего влияния. Более того, НАТО стала претендовать на роль основного гаранта европейской и трансатлантической безопасности, оттеснив в сторону другие организации – ОБСЕ, ООН и пр. В складывающейся новой конфигурации региональной безопасности России было нелегко найти свое место и отстоять свои интересы. Первоначально, по инерции, политическая и военная элиты России воспринимали «западное направление» (особенно расширение НАТО) как основной источник угроз своей национальной безопасности. Лишь со временем пришло понимание того, что России приходится сталкиваться с гораздо более серьезными угрозами по своему южному периметру – от Кавказа до Таджикистана и Афганистана. На Дальнем Востоке России тоже нужно было балансировать между такими гигантами, как Китай, Япония и США, развернувшими борьбу за влияние в регионе.