Церемония восшествия Мехмеда II на престол в 1451 г. в Эдирне
Мехмед II сохранил еще одного старого визиря своего отца, Исхак-пашу, которого назначил губернатором Анатолии, приказав ему перевезти останки Мурада II в Бурсу для погребения в мечети Мурадийе. Сразу же после своего восшествия на султанский престол Мехмед отправился в гарем дворца Эдирне.
Жены покойного Мурада II поздравили молодого султана с вступлением на трон и одновременно выразили ему свои соболезнования в связи с кончиной его отца. Старшей женой Мурада II на момент его смерти была Халима-хатун, которая за пятнадцать месяцев до этого родила последнего сына покойного султана Ахмеда, по прозвищу Кучук. Порядок наследования престола давно уже был предметом раздоров внутри династии и привел к двум гражданским войнам, и поэтому Мехмед II решил уладить этот вопрос без промедления, приказав убить Ахмеда-Кучука. Пока султан беседовал с Халимой, один из его телохранителей утопил ее маленького сына в ванне. Мехмед считал убийство сводного брата делом вполне оправданным, так как оно соответствовало османскому обычаю братоубийства, который иногда практиковали его предки в целях предотвращения войн за престолонаследие. При этом Османы ссылались на подходящие случаю строчки Корана, такие как «Казнь принца предпочтительнее потери провинции» и «Лучше смерть, чем дурные предчувствия». Позднее Мехмед II официально узаконил этот обычай своим указом, который гласил: «Тот из моих сыновей, который вступит на престол, вправе убить своих братьев, чтобы был порядок на земле». Большинство знатоков права одобрили эту процедуру.

Комплекс Мурадие в Бурсе, где традиционно хоронили османских султанов
Вскоре после восшествия Мехмеда II очередной бунт подняли янычары, и опять султан пошел на уступки и скрепя сердце назначил им более высокое жалованье. Свой гнев Мехмед выместил на командире янычарского корпуса Казанджа Доане, приказав освободить его от занимаемой должности и выпороть плетьми. Затем он провел реорганизацию корпуса, сосредоточив нити управления в своих руках, благодаря чему в последующих кампаниях янычары проявили себя с самой лучшей стороны.
В следующем году Мехмед II приступил к осуществлению своего плана осады и взятия Константинополя, который к тому времени был полностью отрезан от внешнего мира с суши, сообщаясь с ним лишь морским путем. Летом 1452 г. по приказу султана на европейском берегу Босфора, прямо напротив крепости Анадолу Хисар, возведенной Баязидом I в 1397 г., была построена большая крепость Румели Хисар. Византийский император Константин XI был бессилен помешать строительству этой крепости, полностью изолировавшей Константинополь от источников зерна, которое поставлялось по Черному морю, и подготовившей условия для предстоящей осады.