Как руководитель управления национальной обороны Йодль разрабатывает оперативные и стратегические директивы и занимается также общими проблемами управления вермахтом, рассматривает новые военно-воздушные силы как равноправную третью часть вермахта наравне с сухопутными и военно-морскими войсками. Все три составные части, по мнению Йодля, должны управляться из центра. В отличие от многих военных Йодль уже тогда признает почти решающее значение люфтваффе в случае войны. Гросс-адмирал Эрих Редер позже пишет о нем, что Йодль «возможно, был единственным армейским офицером», который «с самого начала взял на себя управление вермахтом и действовал в соответствии с этим».
1 августа 1935 года Йодль становится полковником. 10 ноября 1938 года его назначают командиром артиллерии 44-й пехотной дивизии (Вена), но еще до 20 ноября возвращают на его прежнюю должность руководителя управления национальной обороны в ОКВ.
От руководителя отдела личного состава недавно созданного люфтваффе в 1936 году Йодль получает предложение стать руководителем Генерального штаба люфтваффе. Он отклоняет это заманчивое предложение. Его воспитание и процесс становления как военного, внутренняя привязанность к сухопутным войскам и старым товарищам являются главными факторами его отказа стать руководителем Генерального штаба люфтваффе, новой части вермахта. Прими Йодль тогда другое решение, возможно, в 1946 году он не стал бы жертвой мстительного правосудия…
1939 год – первая встреча с Гитлером
Йодль занимается своим переводом из Вены в Бад-Райхенхалль. Кажется, что его желание скоро исполнится: с 1 октября 1939 года он должен стать командующим 4-й горнострелковой дивизией. Но генерал-полковник Вильгельм Кейтель, шеф главного командования сухопутных войск, решает иначе: Йодль, 1 апреля 1939 года ставший генерал-майором, приглашается в Берлин, где 26 августа 1939 года ОКВ поручает ему руководство оперативным отделом. (Переименование управления Верховного главнокомандования вооруженными силами Германии в штаб оперативного руководства вооруженными силами при сохранении полномочий и структуры происходит лишь 8 августа 1940 года).
Когда Йодль появляется в Берлине в ОКВ за несколько дней до начала Польской кампании (1 сентября 1939 года), разработка «плана Вейс» (военного столкновения с Польшей) уже завершена.