Местонахождение центрального правительства и соответственно столицы империи неоднократно менялось. Вначале столица находилась в Пиньяне (современная провинция Шаньси). В продолжение феодального периода столицу переносили одиннадцать раз, и наконец ею стал город Инь.
Провинциальная администрация находилась в руках двенадцати губернаторов. Они возглавляли провинциальную знать. Гражданская и военная власть не разделялись. Родовая знать и крупные землевладельцы часто находились при дворе правителя, придворных нередко посылали управлять другими регионами в ранге князей.
Император считался гарантом законодательной и административной властей. Каждый правитель обладал такими же правами в пределах своей провинции. Поступавшие в казну доходы складывались из поземельного и подушного налогов, которыми облагались земледельцы, а также десятины, которую платили ремесленники, купцы, рыбаки, лесорубы. Отдельные налоги брали с покоренных китайцами племен.
На протяжении имперского периода структура и принципы работы административной системы менялись мало, некоторые изменения произошли только к концу монархического периода. Однако и в 1912 году продолжали верить в божественное происхождение императора, который обьединял в своем лице высшую гражданскую, законодательную, военную и духовную власть; сохранялось и то же деление нации на классы.
Основные министерства находились в столице – Пекине. В большинстве своем они существовали и в феодальные времена. Всеми делами в провинциях управляла небольшая группа чиновников, куда входили губернатор, военный начальник, местный казначей, судья. Кроме того, существовала еще и должность наместника, которому подчинялись сразу две или три провинции. Он контролировал взимание пошлин, ведал вооруженными силами, сношениями с иностранными государствами.
Вначале назначение на должность осуществлялось по наследству или путем выбора преемника. Позже ввели государственные экзамены для проверки профессиональной пригодности кандидатов. Обычно экзаменующийся принимал участие в публичных конкурсных письменных экзаменах на знание системы законодательства. Формирование порядка проведения экзаменов полностью завершилось к XVII веку и было отменено в 1903 году, когда официальные должности оказались открытыми для выпускников колледжей, организованных на современных принципах.