На втором году своего послушничества Прохор тяжело заболел. Его болезнь длилась 3 года. Врачи никак не могли поставить диагноз, хотя склонялись к тому, что это водянка: тело Прохора распухло, он практически не мог двигаться, все время лежал. По истечении трех лет, как и во время первой своей серьезной болезни, молодой послушник оказался на грани жизни и смерти. День и ночь не отходили от его постели игумен Пахомий и казначей Исаия. Состояние больного усугублялось еще тем, что он наотрез отказался от врачебной помощи, всецело положившись на волю Божию.
В храме отслужили Божественную литургию, больного приобщили, после чего он вдруг почувствовал себя лучше и пошел на поправку. Только перед самой смертью святой Серафим поведал о том, что, причастившись, он увидел осиянную Фаворским светом Божию Матерь, которая подошла к нему в сопровождении апостолов Петра и Иоанна. Указывая на Прохора, Она сказала Иоанну: «Сей – нашего рода!», положила правую руку ему на голову, а жезлом коснулась правого бедра. В месте прикосновения вскоре открылась большая рана, через которую вытекла скопившаяся в теле вода. След от этой раны остался у святого на всю жизнь. Известен случай, когда в подтверждение совершенного чуда святой Серафим давал матери Капитолине, церковнице основанной им общины, вложить свой кулак в углубление от раны, как некогда Христос давал Фоме вложить руку в ребро Свое.
Обращение Божией Матери к молодому послушнику, бывшему в монастыре всего лишь 2 года, говорит об особой миссии, которую Она намеревалась возложить на него. В дальнейшем станет ясно, что важная миссия заключалась в создании Дивеевской женской обители. Сам святой Серафим называл себя «служкой» Божией Матери. Он часто повторял, что без Ее указания он не совершает ничего – все делает Она.
Богородица в третий раз спасла Прохора от смерти и указала ему не только на уже пройденный им путь, но и на высоту его дальнейших подвигов: ему предстояло осуществить великое послушание, вынести тяжелый крест и утвердиться в высшем девственном целомудрии. Так Божия Матерь, опекая с самого начала молодого послушника, готовила Себе смиренного и мудрого исполнителя Своих велений.
Когда Прохор полностью излечился от болезни, игумен Пахомий послал его собирать деньги на постройку в Саровском монастыре больничной церкви. Сбор денег считался одним из самых сложных и тяжелых послушаний, однако Прохор с благодарностью принял его и отправился по близлежащим городам.