К этому времени отец Серафим отслужил 3 года диаконом, еще через 3 года ему предстояло стать иереем, после чего в течение 36 лет проходить различные подвиги, уединившись в Саровской пустыни. Лишь в конце жизни, за 7 лет до кончины, по указанию вновь явившейся ему Богоматери, он приступил к созданию новой великой обители в Дивееве, той самой, будущее которой предсказала матери Александре Мельгуновой Сама Царица Небесная.
Будучи диаконом, отец Серафим пережил еще одно великое видение, данное ему в Страстной четверг за литургией. «Сердце мое таяло, как воск, от неизреченной радости», – говорил он о своих чувствах, пережитых в момент чудесного явления. Произнеся во время службы: «Господи, спаси благочестивыя и услыши ны…» – и подняв орарь, диакон Серафим вдруг словно окаменел. Его ввели в алтарь, где около 3 часов он находился в необычном состоянии, которое можно сравнить с трансом. Потом отец Серафим рассказал игумену Пахомию, что ему явился Сам Господь, окруженный всеми ангельскими чинами, «будто бы роем пчелиным». Христос, идя по воздуху от западных врат, дошел до амвона, благословил служащих и молящихся, самого отца Серафима и, сияя неописуемым Фаворским светом, вошел в Свой образ на иконостасе.
Игумен Пахомий, отдававший должное не обыкновенной духовной одаренности младшего сына своих давних друзей, Исидора и Агафии, не спешил проводить его по ступеням духовного роста: 8 лет Серафим был послушником, 7 лет диаконом и только на 34-м году жизни рукоположен в сан иерея. Опытный игумен Пахомий знал, что мудрость даже самой одаренной души достигается не сразу, человек меняется не вдруг, но врастает в божественную жизнь путем долгого и смиренного подвига.
В 1793 году в Тамбове епископ Тамбовский рукоположил диакона Серафима в сан иерея, и новопоставленный ревностно приступил к исполнению своих обязанностей. В течение долгого времени он вел службы каждый день, оставаясь на ногах практически беспрерывно. В результате ноги у отца Серафима опухли и покрылись ранами, и он вынужден был отказаться от ведения служб.
В 1794 году в Сарове скончался любимый всеми игумен Пахомий, под началом которого протекала иноческая жизнь отца Серафима. Грустно было последнему расставаться со своим наставником. Желая облегчить ему прощание с земной жизнью, отец Серафим обещал исполнить завет об охранении Дивеевской общины.