Вскоре владыка Фаддей был арестован. Сразу же после его ареста православные жители города Житомира написали заявление в Волынскую ЧК с просьбой отпустить владыку. Они писали: «Епископ Фаддей много лет известен в городе Житомире, где нет храма, в котором бы он не служил и не проповедовал. Нам известна и его личная жизнь как молитвенника и пастыря. Никогда епископ Фаддей не вмешивался в политику, ничего не предпринимал против советской власти, ни к чему противозаконному никого и никогда не призывал.
Арест епископа Фаддея весьма тревожит все православное население города и его окрестностей, каковое волнуется тем, что лишено возможности молиться со своим любимым архипастырем и пользоваться его духовным руководством. Все мы ручаемся в том, что епископ Фаддей стоит вне политики, и просим освободить его из заключения под вашу ответственность».
Но власти не отпустили епископа, но перевели его в Харьковскую тюрьму.
Сопровождавший владыку начальник секретного отдела Волынской ЧК Шаров, понимая, насколько неубедительны обвинения против епископа, 19 февраля 1922 года подал свое особое мнение: «Епископ Фаддей, как высшее духовное лицо в Волыни… действовавший, безусловно, во вред советской власти, ни в коем случае не может быть возвращен на Волынь. Со своей стороны, считал бы его политически неблагонадежным; как находящегося на Волыни более пятнадцати лет и пользующегося большим авторитетом среди местного населения, выслать из пределов Украины в распоряжение высшего духовенства РСФСР под негласное наблюдение местных органов ЧК».
25 февраля ВУЧК, рассмотрев дело епископа Фаддея, постановила: «Гражданина Успенского И. В. «выслать в административном порядке с правом жительства только в одной из центральных северных губерний РСФСР и Западной Сибири с взятием подписки о регистрации в органах ЧК».
9 марта 1922 года епископ Фаддей был освобожден из Харьковской тюрьмы и на следующий день выехал в Москву. По прибытии в Москву он сразу пошел к Патриарху Тихону. Рассказав об обстоятельствах своего «дела» и о том, что его выслали из Украины и вряд ли допустят обратно, он просил Патриарха определить его на кафедру в один из волжских городов, поскольку сам он родился в Нижнем Новгороде. Находясь в Москве, архиепископ Фаддей принимал деятельное участие в работе Священного Синода при Патриархии. Служил владыка большей частью на Валаамском подворье. 13 марта состоялось назначение владыки на Астраханскую кафедру, с возведением его в сан архиепископа. Но выехать в Астрахань и приступить к своим архипастырским обязанностям на этой кафедре владыке удалось лишь в декабре 1923 года.