В тот же самый день, еще прежде солнечного восхода, исцелился один юноша, пять лет одержимый бесом глухим, немым и слепым. В субботу, в десятом часу, по возвращении святого Николая, исцелилось одиннадцать недужных.
Такое обилие чудес от мощей святителя Николая и данное ранее обещание моряками расположили барян построить новую каменную церковь в честь святителя Николая. Начались работы по перестройке здания Corte del Catapano, которое тогда же было пожертвовано герцогом Рожером с тем, чтобы оно обращено было в храм святителя Николая. Вероятно, во время этой перестройки вышеупомянутая церковь во имя святого Евстахия была уничтожена. В скором времени мощи святителя Николая перенесены были во временную церковь, в которой находился алтарь во имя святого первомученика Стефана. Для надзора за ходом постройки храма и для сбора пожертвований избран был упомянутый выше игумен бенедиктинского монастыря Илия. Чрез два года, в 1089 году, постройка храма была окончена. К этому же времени была приготовлена для мощей Святителя серебряная рака, украшенная драгоценными камнями.
По построении церкви клир и народ Бари отправили в Рим к папе Урбану II просьбу, чтобы он со своим священным собором пришел в Бари, освятил новую церковь во имя святителя Николая и своими священными руками положил в новую раку честные мощи угодника Божия. Папа Урбан II с радостью согласился на исполнение этой благочестивой просьбы и немедленно со своим собором прибыл в Бари. Здесь он переложил мощи в новую раку и перенес их в новосозданную церковь святителя Николая и поставил в алтаре. В новой же церкви был поставлен и гроб, в котором ранее лежали мощи святого угодника. В него была также отделена и положена часть его мощей. Затем была освящена самая церковь в честь святителя Николая. Освящение это последовало 1 октября, причем освящена была нижняя церковь, в которой и до сих пор находятся мощи святого угодника. Верхняя же церковь была освящена только через сто лет.
Некоторое время спустя святитель Николай явился во сне одному благочестивому монаху и сказал ему: «Благоволением всесильного Бога я пришел к вам в город Бари. Теперь я хочу, чтобы мощи мои были положены под престолом». Воля святого угодника немедленно была исполнена, и тело его положено под престолом. Там оно находится и в настоящее время.