Осенью 1995 года банк «Менатеп» получил право на участие в аукционе на пакет акций госкомпании ЮКОС. Ходорковский и пять его партнеров стали владельцами 78 % акций компании, заплатив 309 млн. долларов. Купив ЮКОС, Михаил Ходорковский сразу остыл к банковскому делу и увлекся развитием нового бизнеса. Вспомнив свое первое образование, Ходорковский вплотную изучил процессы нефтедобычи и нефтепереработки, лично объездил все нефтедобывающие управления и НПЗ, вникая во все проблемы.
Следует сказать, что ситуация в компании в 1996–1998 была совсем иной, нежели в 2004 году, когда государство приняло решение вернуть ее обратно в свою собственность. На компании висели огромные долги по заработной плате и налоговым платежам, прежнее руководство, чувствуя скорый уход, заключало заведомо невыгодные для компании (и выгодные для них самих) договоры на поставку нефти, создавало подставные посреднические фирмы для экспорта нефти. На всех технологических участках от скважины до розничной торговли нефтепродуктами процветало воровство, а автозаправочный бизнес и вовсе находился под контролем бандитов. Все это происходило именно в то время, когда компания находилась в государственной собственности. Да и цены на нефть на мировом рынке находились на уровне, ненамного превышающем себестоимость добычи.
В этой ситуации Михаилу Ходорковскому пришлось пойти на жесткие меры – смену руководства на многих важных участках, ужесточение финансового контроля, расторжение невыгодных договоров с покупателями нефти и нефтепродуктов, выделение сервисных подразделений в самостоятельные компании и сокращение персонала, усиление службы безопасности (в том числе финансовую поддержку местных правоохранительных органов, что может рассматриваться и как коррупция), снижение отчислений на социальные программы и поддержку муниципальных органов власти. Естественно, это не могло не вызвать негативного отношения к новым хозяевам со стороны местных властей, криминальных лидеров, а также рабочих, лишившихся работы. Не побоялся Ходорковский испортить отношения и с западными партнерами прежнего руководства ЮКОСа – в частности, был расторгнут договор о совместной разработке перспективного нефтяного месторождения Приобское с американской компанией Amoco (в настоящее время она входит в British Petroleum).