Сроки ознакомления с материалами дела затягивались, неоднократно продлевались, в деле постоянно появлялись новые доказательства и обстоятельства. В конце концов, в январе 2009 года, даже не успев ознакомиться со всеми материалами, Ходорковский и Лебедев подписали соответствующие документы.
16 февраля 2009 года в прессе появилась информация, что новые обвинения утверждены Генеральной прокуратурой РФ. Объем обвинительного заключения составляет, по словам одного из адвокатов М. Ходорковского – Юрия Шмидта, 14 томов. Второй же защитник опального олигарха посчитал отличительными чертами обвинительного заключения не только беспрецедентный объем, но и «степень бредовости обвинений». Юрий Шмидт ранее предполагал, что по вновь предъявляемым обвинениям Ходорковскому, в частности, может грозить до 22 лет лишения свободы.
В феврале 2009 года Михаил Ходорковский и Платон Лебедев были этапированы в Москву. 3 марта 2009 года Хамовнический районный суд г. Москвы начал предварительные слушания по новому уголовному делу. Ходорковскому и Лебедеву предъявили обвинения в том, что в составе организованной группы с основными акционерами ОАО «НК «ЮКОС» и другими лицами в период до 12 июня 1998 года они похитили акции дочерних обществ ОАО «Восточная нефтяная компания» на сумму 3,6 млрд. руб, в 1998–2000 гг. были легализованы похищенные на эту же сумму акции дочерних обществ ОАО «Восточная нефтяная компания», а также в 1998–2003 гг. они совершили хищение путем присвоения нефти ОАО «Самаранефтегаз», ОАО «Юганскнефтегаз» и ОАО «Томскнефть» на сумму более 892,4 млрд. руб. и легализацию части этих средств в 1998–2004 гг. в размере 487,4 млрд. руб. и 7,5 млрд. долл.
По данным защиты, в Хамовнический суд вместе с уголовным делом следствие направило сопроводительное письмо, в котором указало конкретного судью, который должен рассматривать это дело. По мнению защиты, это является вопиющим нарушением закона.
* * *
В апреле 2009 года Михаил Ходорковский в своем заявлении в адрес суда назвал предъявленные ему обвинения абсурдом. Адвокат Ходорковского Наталья Терехова сообщила, что Ходорковского обвиняют в хищении всей нефти, которую добыла компания с 1998 по 2003 год, – это 350 миллионов тонн. «Но если всю нефть украли, то из каких средств компания платила работникам зарплату? А затраты на бурение скважин, разработку новых месторождений, покупку активов? Из каких средств компания заплатила более 40 миллиардов долларов налогов?» – недоумевала Наталья Терехова.