Кстати, в 1868 году Шлиман еще не был доктором, и он прекрасно понимал, что ученые мужи сотрут в порошок неизвестно откуда взявшегося самозванца, не имеющего научного авторитета. История получения ученой степени является одним из самых темных эпизодов в жизни Шлимана. 12 марта 1869 года он направил на философский факультет Ростокского университета просьбу рассмотреть вопрос о присуждении ему степени доктора философских наук на основании присланных материалов. Этими материалами были две опубликованные им книги («Китай и Япония в настоящее время» и «Итака, Пелопоннес и Троя») и два экземпляра автобиографии (на латинском и древнегреческом языках).
Восемь ученых мужей буквально за несколько дней успели ознакомиться с этими трудами и написать положительные отзывы. 27 апреля Генриху Шлиману была присвоена искомая степень доктора философских наук. Правда, все эти события происходили в отсутствие самого соискателя, который в это время в Америке решал вопросы, связанные с получением американского гражданства и с расторжением первого брака.
Итак, все было готово к началу раскопок Трои. В 1870 году Шлиман переезжает вместе с Софией из Парижа в Афины, чтобы быть поближе к месту будущей работы. Позднее, в 1878–1879 годах, известный немецкий архитектор Эрнст Циллер, который украсил своими зданиями столицу Греции, в центре Афин на улице Панэпистимиу построил для Шлимана небольшой дворец в стиле итальянского Ренессанса. В этом дворце, который носит название Илиу Мелатрон, жил Шлиман со своей семьей, здесь же размещались его археологические находки. С 90-х годов XX века в этом здании располагается Нумизматический музей. Кстати, именно в этот музей, который тогда находился в другом месте, София Шлиман передала в 1928 году нумизматическую коллекцию мужа.
Шлиман подал прошение властям Оттоманской империи с просьбой разрешить раскопки на холме Гиссарлык. Однако турецкая бюрократическая машина работала очень медленно. В 1870 году Шлиман провел небольшие, по сути нелегальные, раскопки на холме. И только 12 августа 1871 года Шлиман получил фирман на ведение изысканий, причем в соответствии с текстом этого документа половину своих находок он должен был передавать в новый археологический музей в Стамбуле.
Первый этап раскопок на Гиссарлыке начался 11 октября 1871 года и завершился 17 июня 1873 года. Шлиман нанял около сотни рабочих, проживавших в соседних деревнях греков и турок, и стал прокапывать огромную траншею прямо по центру холма, стремясь как можно быстрее дойти до его основания, где, по предположению Шлимана, и должны были находиться остатки «гомеровской» Трои. Именно эти три раскопочных сезона и нанесли археологическому памятнику непоправимый ущерб, за что последующие поколения археологов справедливо продолжают упрекать Шлимана. За Шлиманом прочно закрепилось определение «одиночки и дилетанта в науке».